作为所谓的龙兴之地，东北在明朝时期其实就已经归为中央政府管辖，但到了清朝前期则被视为核心边疆，采取军事行政双重管控清朝设立盛京将军、吉林将军、黑龙江将军，将军直接对皇帝负责，统管辖区军政事务。同时还保留满族原有的八旗佐领制，对汉族移民实行封禁政策，试图维持八旗传统统治秩序。这是清朝能实控的区域，但这种 实控在清朝中期后逐渐松弛。乾隆后期封禁政策因汉族移民闯关东名存实亡，地方官员对移民的管控日益无力；19 世纪末，沙俄通过《瑷珲条约》《北京条约》割占东北 100 余万平方公里土地，清朝因军事力量衰弱，无法有效抵抗，东北的实控沦为形式上的管辖。

清朝对蒙古采取羁縻与军事结合的政策，核心是盟旗制度，将蒙古分为漠南蒙古与漠北、漠西蒙古，内札萨克蒙古设 6 盟 49 旗，外札萨克蒙古设 8 盟 86 旗，旗长由蒙古王公担任，盟长由清朝任命当地的蒙古贵族担任，同时设立理藩院管理蒙古事务，通过联姻赏赐等手段拉拢蒙古贵族。清朝在张家口、多伦诺尔等地驻扎察哈尔八旗，在科布多、乌里雅苏台等地设立将军、参赞大臣，兵力约2万人，主要作用是威慑蒙古部落，但也没有直接管理，蒙古王公拥有对本旗的 “行政、司法、税收权”，清朝仅掌握军事控制权与最高册封权，无法对蒙古内部事务进行直接干预。这种间接管控在清朝后期因蒙古部落的离心倾向与沙俄的渗透名存实亡。

军府制加伯克制的混合模式，乾隆年间平定准噶尔叛乱与大小和卓的叛乱后，设立伊犁将军，统管新疆军政事务，实行军府制，同时保留新疆当地的伯克制，任命维吾尔族贵族为伯克负责地方行政与税收。

清朝在伊犁、乌鲁木齐、喀什噶尔等地驻扎八旗军与绿营军，兵力约 3 万人，防范部落叛乱与外部侵略，清朝能直接干预新疆的税收、司法事务，但后期因八旗军废弛、财政困难，实控程度急剧下降：19 世纪中期，浩罕国支持阿古柏入侵新疆，清朝几乎丧失对新疆的控制，直到左宗棠收复新疆后，才设立新疆行省，但此时清朝已濒临灭亡，实控难以持久。

清朝确立了金瓶掣签制度，确定活佛转世需要得到清朝的确认，并设立驻藏大臣，确定驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，共同协商处理政事，但西藏当地政府仍然拥有对地方军政、审核司法案件的治理权，驻藏大臣则拥有稽查财政收支和有限的督导权，其治理方式并未脱离羁縻统治的范畴。

清朝在西藏常驻人数约 2000-3000 人的军队，作为驻藏大臣卫队，这依然是对西藏的因俗而治的治理策略，在后期的英国势力渗透后，清朝对西藏的“实际可控”已经衰弱到了极点。驻藏大臣的权力常被达赖喇嘛架空。19 世纪末，达赖喇嘛甚至与英国私下接触，签订《拉萨条约》，清朝竟不知情。

清朝后期东北被沙俄割占 100 余万平方公里土地，清朝无力抵抗。新疆被阿古柏入侵，若非左宗棠自筹军饷收复，新疆可能脱离中国；西藏被英国渗透，1904 年英国军队攻入拉萨，清朝只能签订《中英续订藏印条约》，承认英国在西藏的特殊权益；蒙古在沙俄的支持下，于 1911 年宣布独立，清朝无法阻止。这些历史事件表明，清朝对边疆的实控能力很弱，并不符合实际控制“中央政府下派官员到各级政府控制行政，司法，军事”的范畴，由此可以证明清朝对边疆的管控是 “形式大于实质”，非真正的实控”。这也证明了封建王朝的边疆统治与近代国家的主权管辖完全不是一个概念。