日俄战争后，日本国内以内藤湖南为代表的日本学者打着学术旗号，通过传播解构中国历史的东洋史学，影响中国学界和政治界。

内藤湖南通过将清朝将军辖区地类比为奥斯曼帝国的异族行省制，瓦解中国大一统国家历史建构，导致很多革命党人致力于建立单一汉族国家，主张不继承清朝领土，导致民国初年边疆危机的总爆发。

内藤湖南的设想

1911年10月，辛亥革命爆发后，以日俄为首的帝国主义势力开始密谋划分“满蒙”事宜，日俄双方按1907年密约分割中国东北和蒙古地区。

辛亥革命爆发，“驱逐鞑虏”的口号让内外蒙古王公非常恐惧，在沙俄的策动挑唆下，11月30日八世哲布尊丹巴宣布称帝，外蒙古“独立”，随即攻略外蒙古清军，攻占科布多，兵锋直指阿尔泰，新疆都督杨增新击败外蒙古叛军，方才稳住阵脚。

沙俄迅速与外蒙古签订一系列不平等条约，指导外蒙古政治、经济、军事大权，并强迫中国政府承认，袁世凯政府被迫承认外蒙古自治地位。

入侵新疆的沙俄军队

同时沙俄还入侵呼伦贝尔盟，1912年侵占海拉尔，威胁中国军队不得派兵收复呼伦贝尔，导致呼伦贝尔直到1920年才回归祖国。

日本川岛浪速（川岛芳子养父）也开始资助内蒙古王公发动叛乱。1912年8月，内蒙古乌泰发布所谓“东蒙古独立宣言”，举兵叛乱，北洋政府命令东三省派兵平乱，同年9月击败叛军，收复失地。

沙俄于1912年又策动唐努乌梁海王公叛乱，并派兵占领，形成对唐努乌梁海地区的实际控制。1921年先宣布独立再然后进行吞并，17万领土就此从中国秋海棠叶上割走。

外蒙叛军

沙俄在新疆方面也没有闲着，1912年公然向伊犁、喀什和阿尔泰派兵入侵，直到1919年新疆各族人民才将侵略者赶出新疆。

西藏方向，英国人策动西藏独立，并开始驱逐和迫害汉人。并以威胁不承认民国政府为要挟，阻止北洋军派兵入藏，并制造麦克马洪线，将藏南地区划入英属印度版图。

民国边疆危机在辛亥革命前后总爆发，促使革命党和旧官僚们都在思考补救措施，革命党不得不放弃汉地十八省建国的主张，改为五族共和建国理论，加上袁世凯在安抚北方蒙古王公上的努力，内蒙古王公开始逐渐放弃独立打算，逃至外蒙的王公也开始回归。

图瓦共和国独立纪念碑

民国政府还在边疆地区进行了改革，如建立察哈尔、绥远、热河三省，兴办教育，开矿建厂、移民实边等方式，但均未能解决边疆危机，反而引发蒙古、新疆、西藏地区与中央政府关系的进一步恶化。

中国精英阶层第一次见识到帝国主义通过民族主义和东洋史学解构中国历史文化产生的威力，也激发了中国学者探索建构新国族史观的动力，最成功的莫过于梁启超的中华民族的理论，追求单一民族史观最大的问题就在于无法解决边疆问题，实现其他少数民族的国族认同。