在日本神道教的神社中，大都包含一个安置神位的“本殿”，由于本殿一般不会对外开放，因此建筑相对较小。在本殿的前面，会有一个用于祭祀与参拜的建筑称为“拜殿”，为了方便祭祀与参拜，拜殿往往规模较大。神社中往往还有与拜殿连接的“币殿”，这里就是放置贡品的地方，有时也会在这里举行祭祀仪式。

在靖国神社的本殿中，供奉了246.6万名战殁人员，在这里，亡者灵位的统计单位被称为“柱”，这就是为什么说靖国神社里面供奉了246.6万根亡灵柱，因此在本殿中并不是真的供奉了两百多万根柱子，这里的柱只是一个量词。还有一个必须要解释的一个概念就是“合祀”：就是将多位战殁者的灵位一同供奉在神社内并统一进行祭祀的行为。正是由于靖国神社将二战中十三名甲级战犯和一名乙级战犯进行合祀，才引发了中国、韩国等国家的强烈抗议和反对。

与一般神社不同，靖国神社本殿的后面还有另外一个建筑称为“奉安殿”，奉安殿里面放置的就是受供奉者的名单。这个名单最初是由日本的陆军省和海军省来负责，二战后改为由厚生省掌控。这个受供奉者的名单被称为“灵玺簿”。通常所说的“在靖国神社受参拜”就是指名字上了灵玺簿的名单。

灵玺簿通常会记录受供奉人员的姓名、军衔、阵亡日期、籍贯等，有些也记录阵亡的战役和战场以及家属信息等。一般人接触不到灵玺簿，不过会有一些统计信息，比如在二战中在中国战场上阵亡的日军人数为45.57万人。

其实早在1966年，日本厚生省就已经将东条英机等人的名单给到了靖国神社，但当时靖国神社的宫司（相当于主要负责人）筑波藤磨没有把名单列入灵玺簿合祀，直到1978年，时任宫司松平永芳才将名单中的战犯加入合祀。

与我们传统的佛教仪式不同，靖国神社里面没有牌位，供奉的是合祀的亡灵柱和列明受供奉人员的花名册——灵玺簿。