（1）日本方面。①明朝初年，日本正处于分裂混战的南北朝时代，在这一长期内战的时期所产生的大批溃兵、败将，由于无家可归而沦为海盗。此外，还有一部分逃避征敛或失去生产手段的人们也流亡在海中岛上，他们就勾结不法商船，侵扰中国沿海。②至嘉靖时期，日本正处于纷争的战国时代，正是在这种国内混战的政治局面中，导致征敛无度，再加天灾，而且统治者骄奢昏愦，不恤国政，从而致使日本人民流离失所者日多，失业既众，又因累此兵革，民习战斗，遂多流为寇盗。加上一批战败武士、无业浪人、贪利的奸商，以及破产的农民皆沦为海盗而在各地领主的支持下屡屡猖獗地向海外掠夺战乱愈频繁，倭寇就愈多，明东南地区的倭患就愈猖獗。
(2)明朝方面。①首先，明代中叶武备废驰、将士卑劣，渐已失去强大的边防力量无力回击倭寇。明中叶装备废弛，将士卑劣，军队腐败至此，更加助长了倭寇的嚣张气焰。②其次，政治黑暗，朝政不纲，贿賂之风盛行。③再次，倭寇队伍扩大乃至猖獗的另一个虽小却不可忽略的因素，便是像王直那样的中国海盗式奸商甘心为日倭作向导，与其同劫。④明朝在“争贡之役”后所实行的禁海政策，在客观上带来了不良后果。虽然明政府禁海的动机是为予防止倭寇再来犹掠，但实际上在当时海防废驰的情况下，罢“市舶司”，实行禁海，这些措施对于倭寇、海盗来说，是不起作用的，这只是一种消极的措施而已。
综上，明代倭寇的骚扰，不仅使我国东南沿海一带正在高度发展的经济遭到了破坏，也使这一带人民的生命、财产直接受到了不可估量的损失，而且还使沿海诸港长期与海外建立的贸易关系受到损害。