关于朱慈烺最后去哪了，历史上留下了不少说法。《同州府续志》里提到，朱慈烺在李自成败后逃了出来，跑到陕西郃阳宁家湾，被一个叫宁泓的秀才招待，还娶了他的两个女儿。但之后他去了南方，就再也没消息了。
另外，南明弘光朝廷时，有个自称太子的人突然出现，在南京城闹得沸沸扬扬。后来查出来，这人是假冒的，是驸马都尉王昺的孙子王之明，他还因此被关进了监狱。但南京的老百姓不满意这个结果，觉得里面有“阴谋”，很多人上书为他争辩，左良玉甚至以救太子为名起兵。
总的来说，朱慈烺最后去哪了还是个谜。《同州府续志》的说法和南明时期的“太子案”都让人猜测纷纷，但朱慈烺到底去了哪里，谁也说不清楚。