肠道疾病是口腔溃疡的原因之一，如果口腔溃疡经常发作而且伴随体重下降和疲倦的话，就要考虑这个原因了。首先是克罗恩病，它所引起的口腔溃疡是肿大性的，如果患克罗恩病的话，就要控制和治疗，这样才能解决口腔溃疡的问题。类似的还有乳糜泻，也会有口腔溃疡。肠道疾病引起口腔溃疡也有可能是因为这些疾病导致了铁、B12等吸收不足而引起的。 还有一些疾病也会引起口腔溃疡，比如反应性关节炎。病毒感染的一个症状是口腔溃疡，这些病毒有单纯疱疹病毒、水痘、引起手足口病的病毒。如果免疫功能出现问题的话，就有可能出现口腔溃疡。 牙膏和漱口液中所含的月桂基磺酸钠也是可能引起口腔溃疡的因素之一。一些药物比如布洛芬可能导致口腔溃疡，服用抑制免疫功能的药物后很可能长溃疡。 戒烟有可能引起口腔溃疡，可能的原因是烟草使得口腔变得更不容易被伤害，戒烟后长溃疡是因为本身具有其他引起溃疡的因素，改正了就好了，绝对不能因为不长溃疡而继续吸烟。 口腔溃疡罕见的原因是口腔癌。 从危险因素上看，女人比男人容易得口腔溃疡。1/3到40%的常患口腔溃疡的人有家族史，原因可能和基因有关，比如人白细胞抗原，也可能和子女继承了父母的饮食习惯有关。
