隋炀帝跟萧瑀共同生活多年，从晋王到隋炀帝，他看着萧瑀成长，跟萧瑀感情很深，关系很好，萧瑀长大成人了，一表人才，学问知识更是第一流的，便任命他为内史侍郎。可萧瑀秉性耿直刚烈，对隋炀帝的骄奢无道，屡次劝谏，炀帝对此大为恼火。 大业十一年（615年）八月，隋炀帝巡行北部边塞，突厥始毕可汗侦得此事，便亲率几十万精锐骑兵图谋袭击隋炀帝。隋文帝时以皇室宗女身份嫁给突厥可汗的义成公主暗暗派快使将此消息报告隋炀帝，炀帝赶忙避入雁门关内坚守该城。突厥大军层层包围雁门关，形势十分危急。萧瑀劝谏隋炀帝，赦免高丽。可突厥大军撤走后，隋炀帝又懊悔听取萧瑀公开宣布赦免高丽的建议，当即免去萧瑀内史侍郎之职，贬任河池（今陕西凤县）太守，并且要他立即赴任。
