1861年，清咸丰十一年，英国伦敦宣教会创建北京第一所西医医院， 名为London Missionary Society’s Chinese Hospital at Peking（伦敦布道会北京华人医院），使用中文名“施医院”，乐善好施之意。三十几年后，毁于义和团。
1901年，清光绪二十七年，伦敦宣教会派遣苏格兰传教士科克仁前往北京，重建医院，创建北京协和医学堂。这位格拉斯哥医学院毕业的高材生被委以重任，因为他曾在中国东北行医多年，熟知中国的人情关系。
当时，宫中有一位伺候慈禧太后的宫女“德贵人”，在听闻科克仁高超的医术后，请科克仁看病。经过诊断后，德贵人需要做一个小手术，但是没有女医生。让男医生做手术，这在当时的中国是不被允许的。
颇为了解中国的科克仁想了一个办法，他和德贵人结拜为兄妹，哥哥给妹妹做手术，无碍于礼法。德贵人的手术很顺利，科克仁的大名从此传到宫中。
1915年，美国洛克菲勒基金会以20万美金从伦敦会购得了协和医学堂的全部产业，并用12.5万美金购得清代八家铁帽子王之一豫亲王的府第，又对其进行扩建，命名为北京协和医学院。
随后，洛克菲勒基金会为打造协和医学院，总计投入4800万美金，开启了西医东输的传奇。1951年，它被收为国有。文革中被改名为“反帝医院”，后来又恢复旧称。
2002年9月10日，北京协和医院同信息产业部邮电总医院合并为中国医学科学院北京协和医院。
图为协和医院老楼正门。
