1402年，朱棣怒斥徐皇后：“我真想杀了你弟弟！”
盛夏的南京，皇宫内，一场暴风雨般的怒火刚刚平息。燕王朱棣龙颜大怒，其原因竟是徐皇后的弟弟，朝中大臣，竟在群臣朝拜之际，非但没有行叩拜之礼，反而独自一人前往中山王祠堂痛哭。这突如其来的举动，激怒了刚刚夺得帝位的朱棣。
彼时，朱棣刚刚结束一场腥风血雨的夺位之战，扬州城外的血迹还未干透，他就率军攻破南京城门，三千禁军早已溃不成军。回想起三年征战，白沟河畔燃起的熊熊大火，以及无数亡魂，朱棣心中五味杂陈。
就在他准备回宫之时，一位青衫文士拦住了他的去路。此人正是翰林院七品编修徐辉祖，他手持竹简，目光深邃，直视朱棣甲胄上的伤痕，并提出了一个尖锐的问题：“殿下登基为帝，可曾想过太祖皇帝的陵寝还在孝陵地宫？”此言一出，远处传来搬运箱子的声音，那是建文帝从密道中带出的珍宝。
朱棣佩剑出鞘，剑光映照出徐辉祖额头上的冷汗。三年前北平城被围困，正是徐辉祖为他起草了《清君侧檄文》。如今，徐辉祖手中拿着《孝经》，每一个字都在提醒朱棣，新君不祭奠太祖陵寝，便如同承认了篡位。
当夜，奉天殿灯火通明。徐辉祖跪在殿前，朱棣的龙纹靴离他不过几步之遥。徐辉祖深知帝王心术的微妙之处，他明白礼法并非束缚，而是最好的保护伞。最终，朱棣下令前往孝陵祭奠。
永乐元年，紫禁城内暗流涌动。徐辉祖每日清晨便到文渊阁处理奏章，他独创的“三色批注法”，红、青、黑三色分别批示人员、事件和时间，迅速在六部推行。他以这种方式暗中清除建文帝旧部，永乐元年秋，天下郡县官员更替达三百二十人。
永乐八年春，朱棣第五次北征，徐辉祖在军营中发现了张辅的密信，信中提到“圣驾亲征实为虚”，意图联络蒙古部落。徐辉祖果断建议朱棣改变行军路线，避免了与蒙古骑兵的正面冲突。
1424年七月，榆木川的寒风裹挟着黄沙，朱棣驾崩。徐辉祖陪伴朱棣走完人生最后一程，并告诫太子朱高炽：“帝王心术，不在于杀人，而在于杀人不见血。”
史书上记载：“帝崩，殡后宫，六载乃葬。”民间则流传着关于徐辉祖的歌谣。正统十四年秋，徐辉祖在文渊阁校对《明实录》，当看到靖难之役的那一页时，他感慨万千。最终，他平静地去世了，孝陵守陵人目睹白鹤绕陵三匝。北京紫禁城内，新帝英宗将《靖难功臣录》中徐辉祖的名字用朱砂反复描绘。
