1794 年 11 月 19 日，美国与英国签订 《大不列颠国王与美利坚合众国间的友好、商业和航海条约》，这一条约激怒了当时正在与英国交战的法国，加之美国约翰·亚当斯政府对法国大革命的批评态度，法国开始展开报复行动，扣留和掠夺美国船只，之后法国外交部的代理人向前来进行和平谈判的美国使节索取巨额贿赂作为继续谈判的条件。法国的行为惹怒了美国国内民众，开始呼吁与法国开战。随着开战的呼声越来越多，为了更好地管理美国海军，1798 年 4 月 30 日，美国国会通过法案将美国海军的指挥体系从以陆军为主导体系的战争部中剥离出来，组建美国海军部，并于两天后授权美国海军可以向法国船只发起攻击，美法战争爆发。这场几乎全由海战构成的战争持续了近两年，直到 1800 年 9 月 30 日两国复和，美国海军共取得击败 4 艘战船和 118 艘私掠船的战果。1801 年，为了防止海军被第二次裁军，即将卸任的联邦党政府匆忙通过国会法案，首次授权建立和平时期海军，将和平时期的海军舰艇数量限制为六艘主力护卫舰和七艘普通护卫舰，军官数量被限制为 45 名，另保留 150 名见习官。剩余的服役舰艇被出售，其他被解雇的军官获得了四个月的工资补偿。
