1645年8月21日，坚守81天的江阴城破，阎应元被俘，并被带到大清贝勒尼堪面前。"见到贝勒爷，还不下跪？"士兵呵斥道。 "不跪！"阎应元把眼一瞪，怒而回怼："建虏清妖，岂不知此乃华夏，尔等不请自来，还狺狺狂吠，安知羞耻？" 三个月前，多铎攻陷南京，弘光朝亡。清廷发布诏书，命江南百姓剃发易服。百姓不服，民间自发暴动，此起彼伏。 江阴百姓公推典史陈明遇领导守城。 6月24日，满清的先头部队，在刘良佐率领下，到达江阴城下。 陈明遇初战不利，于是，派人去请阎应元。崇祯十七年初，阎应元因抵御海贼有功，被敕封为英德主簿。当时，因道路艰险，无法赴任，所以，他就滞留在江阴。 阎应元督师后，没少让清军吃苦头。清军架云梯，阎应元就撬砖头；清军搭浮桥，阎应元就命人用自制木铳射击。 刘良佐声东击西，西南角放炮，东北角攻城。阎应元一眼看穿，命人在东北角城墙上，用人粪，掺上桐油浇在清兵身上，清军哭爹喊娘，狼狈逃窜。 攻城不行，就来攻心。刘良佐带着黄蜚、吴志葵到城下喊话，这两人都是大明降将，岂料，刚一开口，就遭阎应元的痛斥："大臣被缢，就当速死，尔等引狼入室，良心何在？"说完，即令士兵放箭，三人负伤，驳马便回。 八月，清军调来重炮，开始了对江阴城的炮轰。二十一日，城破，陈明遇全家自焚而死。阎应元则带着乡勇继续巷战。 傍晚时分，退守到湖边的阎应元，看看所剩无几的侍从，悲壮地说道："替我谢百姓，吾报国事毕也。"说完，纵身一跃，跳入湖中，可惜，湖水太浅，只到脖颈，当他意识到时，已成为清军的俘虏。 他先被带到刘良佐的军营，刘良佐极力劝降，"将军，良才，何必坚守迟暮大明？" "吁！"阎应元啐口痰，"有降将军，无降典史！"阎应元最初入朝的官职就是典史。 刘良佐将他带到贝勒尼堪面前，侍从让阎应元下跪，他却干脆利落地说："不跪！" 一个清兵用枪尖戳向他的小腿，阎应元顿时血流泉涌，扑倒在地。 当晚，阎应元于栖霞禅院英勇就义，他的至死"不跪"，也成为后世口口相传的佳话。
