巴勒斯坦建国面临的核心阻碍，首先是与以色列领土与主权争议。 巴勒斯坦建国若按联合国决议，以1967年确认的边界建国，那么以色列将退出大量侵占的领土，长期以来，以色列占领边界线以内的巴勒斯坦领土，并拒绝撤军，还有就是，耶路撒冷地位问题，巴勒斯坦要求东耶路撒冷为首都，而以色列宣称整个耶路撒冷为其“不可分割的首都”。 内部政治分裂，哈马斯与法塔赫长期对立，分别控制着加沙和约旦河西岸，双方曾爆发武装冲突，尽管近期哈马斯表态愿意解除武装加入巴解组织，但实际整合仍存在挑战。 还有240万至400万巴勒斯坦难民，要求回归原居住地，现被以色列占领，以色列反对大规模接收难民，认为会改变其人口结构。 外部干预因素也不可忽视，美国长期偏袒以色列，承认耶路撒冷为以色列首都，并多次阻挠联合国涉巴决议，而国际社会虽然支持“两国方案”但缺乏有效执行机制。 当前最大阻碍本质是领土，主权与以色列安全诉求的结构性矛盾，而哈马斯武装问题，美国干预问题等，则是这一矛盾的衍生表现。
