公元10世纪50年代初，萨图克·布格拉汗执政后便派遣军队进攻高昌回鹘汗国，占领了高昌回鹘汗国管辖的库车和库尔勒。公元955年，萨图克·布格拉汗去世，其长子巴伊塔什即位后继续进攻高昌回鹘汗国。公元961年，两国在今乌鲁木齐附近发生了激烈战争。高昌回鹘战败，成为喀喇汗王朝的附庸，须向王朝按时交税。 喀喇汗王朝允许高昌回鹘汗国继续保留其汗国名号、政治制度、宗教信仰、生活方式和风俗习惯。这种依附关系一直延续到11世纪40年代喀喇汗王朝分裂。在喀喇汗王朝对于阗李氏王朝的战争中，由于宗教信仰相同的关系，高昌回鹘支持于阗李氏王朝，因此与喀喇汗王朝发生过战争。
