在中国历史上的众多清真寺中，只有大同清真大寺被载入了《二十四史》。关于大同清真大寺的修建年代，因碑刻记载不一，有唐朝、元朝和明朝三种说法。明朝以来，清真寺经过多次重修和增减，嘉靖年间的重修更是在陨石上刻下了中阿文的碑文。康熙皇帝亲征噶尔丹时，来到大同，并御赐寺院圣谕牌和“穆民永乐”牌匾，慈禧太后西逃西安时曾驻留大同，为感谢当地回民的帮助，亲临清真大寺并书写“圣教”二字。