《日知录》八卷本的早印本仅国家图书馆藏有孤本，《日知录》八卷本的稿本沉睡于北大图书馆多年，《日知录》的原抄本被携至台湾，私家收藏经65年之久，大陆无人目睹。《日知录》一书在作者撰著、版本形态、文献典藏上，都存在异常复杂的状况。《日知录》的重要版本，首先有《日知录》的八卷本，包括馆藏八卷残稿本和符山堂八卷刊本的早印本与再印本，计三种。其次有《日知录》的三十二卷清抄本，包括北大馆馆藏清抄本、张继旧藏原抄本、陈垣旧藏清抄本、民国间山东省立图书馆馆藏清抄本，计四种。再次有《日知录》三十二卷本的刊本，包括遂初堂刊本和经义斋刊本，以及乾隆癸丑重镌本、乾隆乙卯新镌本和锦江书院重刻本，计五种。