1.从东南地方自身来看，它虽然是为了维护东南督抚和西方列强在华利益，但客观上符合民族资产阶级和中华民族的利益。它有效阻止了西方列强入侵长江流域，稳定了东南局势，客观上有利于南方经济的稳定和发展。
2.从中央与地方角度来看，东南互保是清朝有史以来第一次地方势力公开与中央对立，体现了汉族地方官僚的成长及其对中央的相对独立。
3.从义和团的角度看，东南互保阻止了义和团运动向南方扩展，使列强得以集中兵力镇压北方的义和团运动，加速了义和团运动的失败。
4.从大局上来看，“东南互保”以地方外交文件形式阻止了西方列强对苏杭和长江内地的武装入侵，在一定程度上维护了国家的领土主权。
5.从政治思想的角度看，它实质上是晚清地方自治思潮的延续和发展，反映了晚清中央政权所面临的深重政治危机。