1874年登上台湾日本军人撤出，并不因为得到清政府赔偿50万银元，实际上，当时的日军是面对沈葆桢率领的军队强大武力威逼下，不得不退出。当时中国军队已经全部调集，业做好随时进攻的准备。 然而腐败胆怯清政府朝廷却表现对日军的极端恐惧，特别是李鸿章不赞同沈葆桢一再强调采用武力打击日军重要性，坚持不允许发动对日战争，最后仍然是清政府同日本签署了中日《北京专约》赔款让日军撤退了事，得到旨意令沈葆桢不禁连连叹息，垂足顿胸， 在此整个历时四个月过程中，沈葆桢表现出高超的军事谋略， 日本人入侵台湾是在1874.5，当时他们出动11艘船舰载有3500名日本军人，装备有现代的洋枪，一上岸他们杀人抢劫，当时，台湾守军由于没有一门炮，无法应对， 接到报告的清政府，急忙派遣沈葆桢以寻阅为名到台湾，让他不动声色去台湾生潘察看，命他相机筹办 随之沈葆桢便带着少数人马，从福建进入台湾，一上岛他立刻派人四处查看情况，侦察日军同时，了解台湾民情，并将所得见闻得，和对应措施一一写入报告，如实禀报给朝廷，很快朝廷命他为钦差，专门处理台湾事物 接到委任的沈葆桢，立刻作好与日军作战准备，马上从福建带领扬威、靖远、振威、福星等舰船直闯台湾海域， 他之所以敢跟日本人展开海上一战，是因为此时他主持的福建马尾船厂，在一年前已能够生产一千多吨舰船， 由于日本人目的是占领台湾岛，其日本陆军凭武器占优不仅攻占大片土地，并已做好了抗登陆防御准备，因此与日军舰船搏杀意义不大，日舰也表现出既不退兵也不应战姿态。 沈葆桢一见此情，知道目前日军依附陆地支援占优，此战关键在清除上岛的日军，而此刻台湾岛上中国军民的武器非常落后，无法与日军展开战斗 他便想出计策，采用舰船在澎湖湾海面游戈向日军示威，吸引日军，同时暗中从大陆调军队分批渡海进入台湾， 鉴于陆军武器装备落后，与日军有很大差距，特意专门从大陆调来的精锐的洋枪队，就这样一下子与日军的武器装备达到势均力敌状态，他便鼓动召集台湾的当地居民组建武装准备应战， 到了9月份，从大陆调来的军队加上当地组织武装，人数已经达到1万人，相应的防御工事也已做好，一切准备妥当，于是他向清政府朝廷报告，做好了向日军进攻一切准备， 为此他特别强调指出，此战意义非常重大，必须采取主动进攻，一定要把日本军队打垮 “……臣等之汲汲于儆敬备者，非为台湾一战计，实为海疆之全局计，以杜后患未形，披见我无隙可乘隙，自必贴耳而去……” 他甚至写信给李鸿章，表示要亲自上阵，准备“裹革而归，余心慰也”， 然而，清朝廷文武官员都不愿意发动战争，对日军感到恐惧，也可能是国内的动乱局势还没有完全平定，经历太平天国多年的战争，清王朝近乎崩溃，早已经陷入惊魂不定，坚决不同意沈葆桢向日军展开进攻请求，逐后于10.31和日本，签订了《北京专约》 闻知消息的沈葆桢不禁痛心疾首，垂足顿胸，倭奴提心吊胆而来，养欲给求而去，未受惩创，反而得利， 令身为巡台钦差的他，扪心清夜，无地自容