普洱熟茶的发酵菌群主要有：
黑曲霉、酵母、青霉和根霉。
黑曲霉
具有多种活性强大的酶系，是普洱茶的陈香的基础。
酵母
酵母很大程度上决定了普洱茶甘、醇、香的口感。
青霉
能赋予普洱茶更多的甘甜味觉。
根霉
能够产生糖化酶，使淀粉转化为糖，产生有机酸和芳香的酯类物质。