留德效力的第二年，凯泽斯劳滕曾开出400万马克报价求购杨晨，这笔转会最终未能成行。杨晨坦言此事与施拉普纳有关：“很感谢他把我带到德国，但他或许并不是最适合我的经纪人。” 1999年，杨晨正式更换了经纪人。此外，他与法兰克福主帅马加特之间的“矛盾”也曾被外界热议，杨晨对此解释：“我们之间没有任何过节，只是我受伤期间，他总认为我的伤势并不严重，仅此而已。” 2001年，法兰克福不幸降级，杨晨因回国代表国足出战世预赛，缺席了关键的保级战役。“前两次球队保级我都在场，偏偏最关键的第三年我不在。就算我当时留在队中，球队依然降级，我也无怨无悔。”说起这段往事，他至今仍充满遗憾。随法兰克福征战一个赛季德乙后，杨晨合同期满，以自由身加盟圣保利，又在德乙赛场踢了一年。 在德国的五年职业生涯中，杨晨先后经历三个德甲赛季（打入16球）与两个德乙赛季（攻入8球）。效力圣保利期间，他因韧带重伤长期缺阵，也由此萌生了回国的想法：“在国外五年了，父母年纪渐长，希望能回到他们身边。” 彼时，北京国安、上海中远、大连实德、山东鲁能、深圳健力宝等多家俱乐部纷纷向他发出邀请，甚至有俱乐部老板带着现金当面洽谈，均被杨晨婉拒：“在德国已经习惯了规范的合同流程，现金交易缺乏保障。” 杨晨最初的回归首选是国安，但最终选择加盟深圳。当他代表深圳队客场对阵北京时，有球迷将他的头像与美元图案放在一起进行调侃。杨晨对此表示理解：“爱之深，责之切。高峰、高洪波、谢峰他们回来比赛时，也遇到过类似情况，我完全能体会。就像菲戈重回诺坎普会遭到嘘声一样。” 谈到为何最终选择深圳，他直言：“当时国安已经涌现出一批年轻队员，而且在家乡踢球，无形中会背负很多压力，我想换个全新的环境去挑战。” 杨晨抵达深圳当天，上千名球迷前往机场迎接，“那样的场面是我人生中第一次经历，特别感动。”效力深圳的三年间，他随队夺得中超冠军，还站上了亚冠赛场。 此后深圳队陷入经营动荡，杨晨接受高洪波邀请加盟厦门，征战两个赛季后随队降级，正式宣布退役。十三年职业生涯，他登陆德甲、斩获中超冠军、出战亚冠，还代表国足征战十强赛与世界杯，“职业生涯的句号，画得很圆满。”