因为西南联合大学是由三所大学组成的，三所大学各自有不同的历史。清华在“七七事变”发生的前一年（1936年），曾将一部分图书、专门期刊的装订本、非日常需用的参考资料等，一度运到汉口保存，待抗战开始，又自汉口运至昆明。 南开大学则于“七七事变”后，将部分图书、仪器拟从天津海路迁赴昆明，后来，听说在海防、河内等地损失了一部分。 而北大则以不动“一草一木”为原则，未运出任何设备。只有物理系将一个得来极不容易的R.W.Wood生产的光栅，及分光仪的玻璃和水晶三棱镜等少数部件带出。

到昆明后，三校教师在授课上，都合力进行，没有任何问题发生，但联大却没有能力进行任何研究工作。清华有它自己的基金（主要是庚子赔款），因此在到达昆明以后，就成立了航空、电子、金属等几个研究所，还聘请了一些工作人员，做研究工作。以此作为在抗战后复员返校时的基础，这是很有远见的措施。南开大学原来规模就比较小，且属私立，没有什么基金，在战时，一切经费由政府担负。北京大学规模虽大，资望亦高，但在抗战期中，除了很小一部分经费，用作维持一个“北京大学办事处”外，便再没有力量维持各项研究工作了。

在抗战初起时，我的看法是应该为全面抗战着想，节省一切开支，研究工作也可以暂时停一停。但日子久了，我的看法也有了改变，我逐渐觉得，为了鼓励研究人员的精神，不会使他们长期地感到无法工作的苦闷，亦为了培植及训练战后研究工作所需人才，应该在可能的情况下，添置一些研究设备。因为哪一天才能得到胜利，这是遥遥无期的，然而时间一去不返，所以不能坐等。联大没有这笔经费，北大也是如此。我曾想，是否由北大和清华借一些钱来办这事，而且还把这一设想非正式地向北大当局提出过。当时，得到的印象是北大当局认为我的设想是一件麻烦的事情。真实的经过我不清楚，似乎北大与清华双方曾有过非正式的交涉。后来，听到我的朋友讲，有些人认为我此举有“野心”，这也许是我的建议不能实现的又一个原因吧！现在回想起这件事来，我明白了，不论什么时候，不论在什么高明的机关里，能够“无我”的人，到底是不多的。当时我的想法不包含任何私心，可惜，由于少数人眼光短浅，这具有深远意义的设想，便无声无息地夭折了！

——吴大猷（1907-2000）《我在西南联大的日子》