以色列与黎巴嫩的矛盾根源错综复杂。宗教信仰是一大因素，以色列以犹太教为主，黎巴嫩则是基督教和伊斯兰教并存，不同宗教的教义、习俗差异大，容易引发文化和价值观的冲突。
领土争端也很关键。以色列建国后不断扩张，多次与黎巴嫩在边界领土上产生摩擦。比如在戈兰高地等地区，双方都宣称拥有主权。
地缘政治方面，中东地区各方势力交织，以色列背靠美国等西方国家，黎巴嫩则在地区内有不同阵营支持。这使得两国在地区影响力的争夺上互不相让，进一步加剧了矛盾。这种矛盾不是一朝一夕形成，解决起来也困难重重。