闽系海军总部为何设在上海高昌庙，而非福建马尾。

闽系海军指的是从1899年叶祖珪、萨镇冰重振中国海军到1946年以陈绍宽、曾以鼎为首的中国海军出现集体辞职，在这47年时间里中国海军实际上以闽系为主。

那么为什么闽系海军总部设在上海高昌庙，而非福建马尾。那是因为位于上海高昌庙的江南造船厂是当时中国最大的造船企业。江南造船厂前身为1865年创办的江南机器制造总局，而马尾造船厂创办于1866年，为中国第一家近代化造船企业，按道理马尾造船厂比江南造船厂强很多，但是1884年中法马江海战马尾造船厂几乎全部被法军的炮火摧毁，虽然后来重建却没有了之前的风光。随着马尾造船厂的衰退，江南造船厂却得到了重视。

1899年叶祖珪与萨镇冰这两位船政子弟开始负责重振中国海军，从这时开始清朝的海军80%为福州人，因此清末海军也被称为闽系海军。叶祖珪作为重振中国海军的第一负责人，他当时看中了上海高昌庙，从这时开始位于上海高昌庙的江南造船厂成为当时中国最大的造船厂。没过多久叶祖珪英年早逝，萨镇冰接替叶祖珪负责重振海军，成为清末海军总司令。

1911年辛亥革命爆发，以黄钟瑛为首的闽系海军决定起义，参与推翻清政府，并且在上海高昌庙设海军总司令部。萨镇冰只好选择隐退，于是黄钟瑛接替萨镇冰成为闽系海军首领。几个月后清朝灭亡，民国成立，黄钟瑛成为中华民国首任海军总长兼海军总司令，没过多久黄钟瑛病逝，刘冠雄成为海军总长，李鼎新成为海军总司令。

1917年7月闽系海军出现分裂，一部分追随北洋政府，一部分追随护法军政府。1917年7月饶怀文成为北洋政府海军总司令，程璧光成为护法军政府海军总司令。1918年2月蓝建枢接替饶怀文成为北洋政府海军总司令，林葆怿接替程璧光成为护法军政府海军总司令。此时闽系海军在我国东北地区成立的海军也被张作霖集团收编。

为了抗衡护法军政府海军与东北海军，于是北洋政府海军总司令公署正式由南京移驻上海高昌庙，确立上海为海军中枢，成为闽系海军总部。1920年10月，林葆怿与蓝建枢等闽系海军和好，他们联合致电北京政府与广东军政府，宣布南、北海军统一，上海高昌庙为闽系海军总部，成为割据一方的霸主。

北伐战争期间，闽系海军首领杨树庄与老蒋合作共同北伐，在北伐战争中闽系海军所向无敌，无一败仗，龙潭之战更是以少胜多，从此闽系海军更是一支独大，闽系海军总部上海高昌庙也成为了民国政府海军总部，而福建马尾只能作为闽系海军的第二大本营。直到抗战胜利后，因为不想参与打内战，以闽系为主的中国海军出现了集体辞职，从此再无闽系海军。

总结：上海因其地理枢纽、工业命脉、政治博弈、历史惯性四重叠加，超过地盘小、水深不足、远离经济中心的福建马尾，成为闽系海军总部。