日本七三一部队设置五个部，各部分工明确。第一部是研究部，专门研究和培养有利于细菌战的有效杀人细菌。第二部是实验部，专门把第一部培养出来的有效细菌，在活人身上作试验，之后予以鉴定。第三部是防疫给水部，专门从事军事用给水事务。第四部是制造部，专门把试验中选出的细菌迅速加以繁殖。第五部是教育部，专门培养指挥细菌战和使用细菌武器的“人材”。