农村信用社与农业银行属于不同性质的两个单位。
农业银行是国有控股商业银行，实行全国统一法人制。
农村信用社为集体所有制地方股份制，以县级为单位统一法人。
农业银行规模庞大，业务范围广泛，在世界排名中长期位居2 - 3位。
农村信用社的业务范围主要聚焦当地小微企业，以支持农户为主，承担着支持“三农”的重任。其存款利率普遍高于其他银行，央行也给予重点关照，每次下调利率时，都会放宽上浮利率标准。
农业银行曾长期监管农信社。自50年代农信社成立起，二者在基层紧密相伴。直至1996年8月，国务院发布《关于农村金融体制改革决定》，明确农行不再管理农信社，农行与农信社彻底脱钩，结束了长达40年的隶属关系。