普及高中教育的最大障碍，首当其冲是资源不足。从师资来看，普及高中意味着需要大量合格教师，然而优秀教师资源有限，难以快速满足需求。
教育资源分配不均也是大问题。像浙江嵊泗县能实现普高“愿读尽读”，是因为当地常住人口仅6.5万余人，学龄人口少，教育资源供需宽松。但在人口密集地区，学位紧张，要普及高中困难重重。
此外，观念转变难。很多人将普及和义务混为一谈，认为普及就应强制、免费、一刀切。但普及高中是提升机会，并非强制上学。只有解决资源、分配和观念问题，普及高中教育才更有可能。