1953年至1955年间，毛泽东主席得知卫生部取消中医这一情况后极为震怒，批评这种做法是“奴才思想”，是“消灭中医”。
毛泽东随后在中央政治局会议上决定，撤销贺诚和王斌的卫生部副部长职务。毛泽东曾用一句通俗的话批评他们：“让‘神父’管‘和尚’，只能是越管‘和尚’越少。”1955年，两人在《人民日报》上被点名批判，被指责犯有“排斥中医、歧视祖国医学遗产”的严重原则性错误。
撤换两人后，国家开始政策纠偏！确立了“团结中西医”的方针，开始大力提倡西医学习中医，并成立了中医研究院（现中国中医科学院）。贺诚和王斌因在卫生工作中推行排斥中医的政策，触碰了当时国家领导人对传统文化保护的底线，最终导致了政治生涯的重大挫折，并成为了历史上“废止中医”思潮的代表性反面人物。
贺诚调军事医学科学院院长（降级），1963年被迫离休，不停遭迫害，1992年去逝。
王斌降级调内蒙古医学院副院长。直到1975年才返回北京。
“废止中医案”的始作俑者余云岫，他既是中医的死敌，也是一位有真才实学的医生和学者。虽然两次废止中医的提案均告失败，但他在新中国成立后并未像贺诚、王斌那样被彻底打倒，而是以“中西医结合”研究者的身份走完了余生。他对中医科学化的逼迫，在客观上也刺激了中医界进行自我反思和改革。