秦琼没参加玄武门之变，原因挺多。玄武门之变是李世民和李建成、李元吉的权力斗争，属于宫廷内部夺权，主要由皇子及其亲信操作，秦琼作为外部将领，没被完全纳入核心谋划圈。
而且这是场突袭政变，行动迅速又秘密，参与的多是李世民身边亲信和侍卫，秦琼可能没被提前告知，也没被安排具体行动。从李世民事后封赏看，秦琼有七百食邑，说明他可能在现场，但发挥失常没出大力。也许是他威名太盛，李建成和李元吉曾想挖他，还立誓杀李世民必杀他，这让他在行动中有所顾虑。