伊朗和印度合作面临不少挑战。政治方面，伊朗的摇摆政策使其失去一些第三世界国家信任，与印度结盟还加剧了阿塞拜疆担忧。阿塞拜疆重视伊朗与亚美尼亚结盟，而印度是亚美尼亚最大军火供应商，伊朗与印度加速战略融合，会让阿塞拜疆担心被夹击，像苏 - 35配合亚美尼亚苏 - 30夹击的可能性就引发了阿塞拜疆的不安。
经济上，美国因素影响巨大。此前印度在伊朗恰巴哈尔港投资项目，因美国制裁升级而失败，印度历时十年的战略投资付诸东流，1.2亿美元打了水漂。美国利用经济霸权切断印伊合作，让印度的经济战略布局受挫。