1938年蒋介石致黄绍竑电报指责其在浙江主政时声名狼藉，要求他好自为之！
1935年初夏的桂林闷热得像一口大锅，新桂系三位核心人物围坐在竹椅上，气氛却比天气更躁动。李宗仁一拍桌子，“广西要往外走，不扩张就是坐以待毙。”白崇禧轻推眼镜，“兵锋到了湘粤，中央便得重新算账。”黄绍竑沉默片刻，只吐出一句，“老百姓的家当还没安稳，外出打仗，只会两头空。”相同的场景在随后两个月又出现数次，分歧越来越深，黄绍竑终究起身离席，从此与桂林的政治中枢渐行渐远。
脱离新桂系的那一年，他把目光投向南京。蒋介石正忙于调度各路军阀上战场，需要一位能“听话”的地方官，于是点名黄绍竑去浙江兼第二战区副总司令，暂时离开他熟悉的广西。黄一口答应，外界却议论纷纷：有人说他是被李、白挤走，也有人猜他想借中央扶持另起炉灶。真实原因不止一条，但地方与中央的矛盾早已把他推到新的权力棋盘。

1937年10月，娘子关炮声震天。第二战区表面上归黄绍竑统一指挥，实则军令如断线风筝——阎锡山只顾自家地盘，西北军与川军各玩各的，中央军又时时插手。山口线刚出现突破口，前线指挥官却在等电报确认增援，半天没人拍板。黄绍竑在太原指挥部焦躁地踱步，参谋对他说：“各部请示的电报快堆成山了。”他长叹一句，“等回信，恐怕敌人都跨过关口了。”不到一周，防线全面崩溃，山西局势急转直下。战败责任自然落在名义总指挥头上，他被紧急调回杭州。

回到浙江，黄绍竑暂时远离前线，开始做自己擅长的行政修补：整饬税制、修堤筑坝、扩建义学。地方士绅虽然嘴上不满外来官员，却也承认“这位季宽先生办事还算利落”。遗憾的是，抗战压力并未给他太多时间。1938年初春，他前往闽浙交界视察，恰逢粟裕新四军教导队在山区训练。双方一晤，黄连看三天操课后私下感慨：“这支部队纪律比我在山西见到的任何一支都好。”随行参谋提醒他慎言，他只是摆手，“打日本人，谁上阵都一样，怕什么？”

三月的一天夜里，临时驻地灯火昏暗。粟裕向他提出，希望调往苏皖敌后地区展开游击战。黄迅速表态：“只要不影响浙江的防务，这个要求我尽力促成。”言毕，两人相视一笑，气氛颇为轻松。这段对话很快传到陪同的顾祝同耳中，也被层层上报。几周后，一份措辞冷峻的电报从武汉飞抵杭州——发信人：蒋中正。电文不及百字，却句句锋利，直指黄“用人不察，言论乖张，已毁名誉，当慎之又慎”。
电报甫到，黄绍竑沉吟良久，即刻动身西上求见。蒋介石的公署里，一场近两个小时的对谈掀不起声浪。蒋质问他为何对“共军”大加褒扬，又擅自为其转移开绿灯。黄则据理力争，反复强调“以共同抗日为重”。最终，蒋介石只是淡淡地说：“非常时期，不容生乱。”话不多，却已宣判：浙江省长仍可做，但权力将被分割，中央将派监视员全程盯防。

自此之后，黄绍竑在浙江的施政愈发谨慎。对外，他照旧高谈教育与水利；对内，则常叹“人心不齐，谈何抗战”。昔日意气风发、主张以建设救国的理想，在党内派系斗争与对日战火夹击下逐渐暗淡。有人评价他“兴趣在民生，却误入刀兵”，此话虽直，却点中要害——当整体指挥体制千疮百孔时，个人抱负再宏大，也难免被挤压在权力的缝隙中。历史的车轮滚滚向前，黄绍竑在浙江的背影，终究成了那一代地方将领进退失据的剪影。