斯坦福在线高中于2006年在斯坦福大学成立，由马龙家族基金会捐赠，成为美国首批在线独立学校之一。在在线学习尚属新兴概念的年代，马龙家族基金会的慷慨捐助使创建一所能够跨越洲际、促进学术交流的学校成为可能。我们的核心使命是打造一所​​学术严谨、面向所有求知欲强、不拘地域的学生开放的在线学校。

在建校初期，斯坦福在线高中规模很小，只招收10至12年级的学生，但社区氛围却十分活跃。从建校之初就在这里任教的泰德·阿尔珀回忆说，当时在线获得高中学位几乎是闻所未闻的。选择斯坦福在线高中的家庭都勇于尝试新鲜事物，而这种开拓精神也塑造了学校之后的一切。开学第一天开设的第一门课程是“民主、自由与法治”，至今仍是学生和校友最喜爱的课程之一。首届“斯坦福暑期营”于2007年7月举办，当时只有六名学生聚集在斯坦福大学校园的一间物理实验室里。

学校逐渐找到了自己的节奏。2009年，斯坦福奥格登高中（Stanford OHS）扩招七年级和八年级学生，为那些求知欲强、渴望探索的低年级学生敞开了大门。一路走来，新的传统也逐渐形成：2007年，一位学生创作了卡通人物“像素”（Pixel）；2010年举办了首届毕业舞会，舞会上《Don't Stop Believin'》成为了非官方的校歌；暑期组织学生前往罗马、伦敦和东京旅行；以及蓬勃发展的各种社团和俱乐部。

如今，斯坦福大学高中（Stanford OHS）在美国各州和几十个国家招收了 1000 多名 7 至 12 年级的学生。