1. 政权并立，自相攻伐
短短十几年间，弘光、隆武、鲁监国、永历等多个政权同时存在，彼此互不承认、互相敌视。鲁王政权与隆武政权同处东南，非但不联手抗清，反而兵戎相见，白白消耗仅存的抗清力量。
​2. 文武对立，将相失和
文臣集团轻视武将、猜忌兵权；武将跋扈不听节制，甚至起兵“清君侧”。左良玉以“清君侧”为名率大军东下攻打南京，直接导致弘光政权防线崩溃，清军趁机长驱直入。
​3. 地方各自为政
南方各省督抚、乡绅、地主自成势力，只保自家地盘，拒绝协同作战。没有统一的后勤、征兵、防御规划，各地孤军奋战，被清军逐个击破。
4、战略全面失误，错失所有翻盘机会
弘光政权“联虏平寇”的致命国策是南明初期最大战略错误会。想联合清军剿灭李自成农民军，幻想和清朝划江而治。对关外清军的野心毫无警惕，主力军队全部投入抵抗西北的大顺军，长江防线空虚。清军在击败农民军后，立刻调转矛头南下，南明仓促应战，一触即溃。消极防御，不思进取。错失民心，失去底层支撑。