1936年（昭和11年）“二二六”事件后，冈田启介内阁总辞职，广田弘毅组阁。军务局军事课高级课员武藤章上蹿下跳，非常活跃，甚至迫使新的陆军大臣寺内寿一阻挠广田弘毅组阁。 6月武藤章被调到关东军。 武藤章走了以后，在东京的石原莞尔的存在感就强了（“二二六”事件之前，陆军中央清洗皇道派，石原莞尔从关东军被调到参谋本部，任作战课长，在“二二六事件”中主张镇压皇道派而获得威望）。 当时陆军省军务局长矶谷廉介和军事课长町尻量町和石原莞尔走近，连军务课（主外）课员片仓衷，在统制派消散后，也依附于石原。 虽然调任参谋本部的第一部作战课长对于石原莞尔是大升官，但是作战课长是纯军事作战立案的参谋，和政治无关。 6月，石原在参谋本部新设了一个战争指导课（第一部第二课，在战略层面判断战争局势，推进国家总力战），自任初代课长；作战课改为第三课。1937年3月，石原莞尔升任第一部（作战）部长后，让便于驾驭的河边虎四郎就任第二课课长。同年7月卢沟桥事变爆发，石原坚决反对扩大对华战争，与东条、武藤章对立，9月石原被调离参谋本部，11月战争指导课撤销，作战课重新成为第二课（原战争指导课缩编为作战课所属的战争指导班）。

石原莞尔还将参谋本部第一部作战课与总务部编制课合并，成立权限很大的第一部第三课，1937年3月将赴任关东军参谋的武藤章召回，任命为第三课课长。

1936年9月，寺内寿一陆相和永野修身海相共同向内阁提交《行政机构改革共同意见书》，希望中央行政机构统合和改革议会制度，引起既成政党的反对。