1891年，大英博物馆决定设立“东洋印刷书籍与手稿部”（Department of Oriental Printed Books and Manuscripts）。 1892年东洋图书部正式运作，首任部长（馆藏部主任 Keeper）是Robert Kennaway Douglas（R. K. Douglas）。 同年（明治二十五年1892）南方熊楠从纽约到达伦敦，得知父亲弥右卫门的讣告。 1893年春，南方熊楠开始频繁利用大英博物馆，并且开始给英国杂志投稿（比如10月《東洋の星座》，发表于《nature》杂志）。 1897年3月，在大英博物馆东洋图书部长Robert K. Douglas的介绍下，南方熊楠与孙文相会。 1898年12月，南方熊楠与图书馆监督员争执，被取消大英博物馆的利用资格。 1899年（明治三十二年）6月，开始给《Notes and Queries》杂志投稿。 1900年（明治三十三年）9月，因为经济原因回国，10月回到和歌山。 1901年（明治三十四年）2月，孙文来到和歌山，与南方熊楠欢谈。 1906年7月，39岁的南方熊楠与田边市的斗鸡神社宫司田村家的四女松枝结婚。

1911年（明治四十四年）3月，柳田国男来信，此后与柳田国男一直通信，8月，写了反对神社合祀政策导致神社森林破坏的意见书（南方二书），柳田国男将其公开发行。10月，长女文枝出生。 1914年（大正三年）1月，在杂志《太阳》上发表《关于老虎的史话、传说与民俗》，后来每年（至1923年）都给《太阳》投稿当年干支的民俗传说，这就是《十二支考》。

1926年（大正十五年，昭和元年）2月出版《南方闲话》，5月《南方随笔》出版。11月《续南方随笔》出版。