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1931年，他被派到赣县，当县委书记。到年底调回红一方面军做政治部主任的时候，老百姓放鞭炮送了他几十里路。那时候条件多苦啊，老百姓舍不得送的人，绝不是嘴上说说“好干部”，是真在他们心里站住了的。

中央苏区的五次反“围剿”作战，他参加了四次。这意味着什么？意味着他不只是坐在后方写文件，而是真正跟着部队打、随时要掉脑袋的那种。

如果你给他贴标签，他几乎是个“六边形战士”：有文化、有觉悟、能打仗、政工工作一流、管理有方、群众基础特别好。

长征一开始，就能看出组织对他的信任。

1934年中央红军被迫长征，要从江西突围。那会儿红军的队伍，差不多有十万号人，加上担架队、机关、家属，真就像大搬家。中央决定：红一、红三军团在前面开路，中央机关居中，红八、红九军团保护两翼，火力最猛、战斗力最强的红五军团，负责最后方——也就是后卫。

后卫这个位置，听着不起眼，实际上最危险。你要跟紧大部队，又得随时迎战追兵，随时掩护前面的人撤离，打得最苦、损失最大。

周总理当时安排了一个让人现在看起来都拍案叫绝的对调：把红五军团政委朱瑞调到别的岗位，把李卓然调去当红五军团的政委。换句话说，把这支“背后顶着全部中央机关”的后卫主力的政治工作，压在了他肩上。

刚一上任，他就遇到了一个很现实的问题：跑兵。

红五军团里有大量江西本地战士，家就在附近山里。长征意味着什么？意味着离开老家，往哪儿走都不知道，“走到哪儿算哪儿”。这样的心理落差一点不奇怪，大批战士趁乱往家跑，队伍的稳定成了大问题。

这个时候，政工工作能不能拿得起来，就见真章了。

李卓然没有把问题简单地归结为“思想不坚定”，也没搞什么粗暴的“军纪教育”。他跟当时军团里另一位重要人物——陈云，一起深入连队、排里，跟战士们一对一谈话，问得很细：你怕什么？担心什么？家里情况怎样？为啥想跑？他们把这些真实想法一条条记下来，分析出问题的症结——有人放不下家里的老人，有人不知道长征的目的，以为是“远走高飞”，更有人单纯是因为恐惧。