“人与自然的关系”是宫崎骏动画的另一个主题。宫崎骏批判人类通过产业文明傲慢地破坏自然的人类中心主义态度，这也是他经常被称作环保主义者的原因。然而，在宫崎骏看来，人与自然的关系绝不是“自然很重要”这样简单的语言所能够概括的。那么，如何处理好人与自然的关系呢？在《风之谷》中，宫崎骏借主人公之口说出：“坚信活着是一件艰苦的事，但生命的意义就是要突破这困厄，就算未来会因而更混沌，生命自会找到其出路。”因此，在故事的最后，死而复生的主人公娜乌西卡似乎变成了救世主，找到了适合人类生存的“清净之地”。然而，在十几年后的《幽灵公主》中，宫崎骏的心境发生了很大变化。《幽灵公主》的结局是暧昧的，或者说是无结局的。故事中的男女主人公——代表森林一方的珊和代表人类一方的阿席达卡虽然产生了情愫，但最终还是未能走到一起，折射出宫崎骏对人类与自然矛盾的悲观心境。宫崎骏想通过自己的作品告诉人们：在人类生存环境日益恶化的今天，人类要学会热爱环境、热爱生命，要有把“死的荆棘”置于自己内心、压制自己内心暴力冲动而活下去的生活态度。