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七月份，红四军出击闽中，结果打得很不顺。部队在大田一带遭到国民党军队的阻击，损失不小。更要命的是，部队内部的思想更混乱了。有的人主张回井冈山，有的人主张留在闽西，还有的人甚至提出分兵游击。没有了一个拍板的人，开起会来七嘴八舌，就是定不下来。
基层的官兵也感觉到了不对劲。有个连长后来回忆说，那阵子部队的士气明显低落，以前毛委员在的时候，每次开会大家都觉得有盼头，现在开会光听上面的人吵架，到底要干啥谁也不清楚。
这种情况在八月愈发严重。红四军党内召开了第八次代表大会，本想统一思想，结果会开了三天，争论得更厉害了。极端民主化的倾向冒了出来，什么事都要大家讨论，讨论来讨论去也没个结果。有的人甚至提出，既然前委说话没人听，那就干脆取消前委，各纵队自己管自己。
这可不是小事情。如果真这么搞，红四军就有分裂的危险。毛泽东虽然人在蛟洋，但红四军的事他一直关注着。他听说这些情况后，心里急得很，但他知道，这个时候靠他回去骂人没用，得让大家真正认识到，没有党委集体领导，部队就会变成一盘散沙。
这时候，中央的来信起到了关键作用。八月二十一日，中央给红四军前委发来指示信，明确要求维护毛泽东和朱德的领导地位，强调红四军必须坚持党的集体领导。这封信被称为八月来信，它为日后古田会议的召开埋下了伏笔。
九月，红四军打下了上杭县城，部队暂时稳定下来。但思想问题没有解决，只是暂时压住了而已。朱德和陈毅都意识到，再这样下去不行，必须把毛泽东请回来。陈毅主动提出，他去上海向中央汇报工作，同时请中央帮助解决红四军的内部争论。
陈毅化装成商人，辗转到了上海。在法租界的一间小房子里，他向中央政治局详细汇报了红四军的情况。他这个人很坦诚，既不隐瞒自己的观点，也如实反映了毛泽东的看法。中央听了汇报后，由周恩来主持，李立三、周恩来、陈毅三人一起讨论，最后形成了对红四军的指示。
这就是著名的九月来信。来信明确指出，毛泽东应仍任前委书记，红四军的一切工作必须置于党委集体领导之下，坚决反对极端民主化和个人说了算。这封信定下的调子，实际上肯定了毛泽东一贯坚持的建军原则。
陈毅带着中央九月来信回到红四军时，已经是十月下旬了。他找到仍在蛟洋养病的毛泽东，把中央的信交给他看，劝他回前委工作。毛泽东看了信，心里的石头落了地。他高兴的是，中央支持了他的主张，红军建设的方向没有偏。
十一月二十六日，毛泽东回到了红四军军部所在地长汀。朱德、陈毅和许多指战员都出来迎接他。毛泽东看到大家，心里有些感慨。几个月不见，有的人瘦了，有的人黑了不少，但眼神里的那股精气神还在。他知道，这支队伍本质是好的，只是思想上有些混乱，需要好好整顿一下。
回到军部的当天晚上，毛泽东就召集前委委员开会。他没有翻旧账，也没说谁对谁错，而是提出了一个问题：红军到底该怎么建设？这个问题，他从秋收起义就在想，经过这几个月的波折，他想得更清楚了。
接下来的一个多月，毛泽东带着前委的一班人，深入部队调查研究。他们找各级指挥员谈话，找基层士兵聊天，把红四军存在的问题摸了个透。毛泽东发现，问题虽然五花八门，但根子就一个：党对军队的领导不落实。有些连队的党支部形同虚设，有的党委成了军事主官的附属品，该讨论的事不讨论，该坚持的原则不坚持。
十二月二十八日，古田镇曙光小学的祠堂里，红四军第九次党代表大会召开了。这就是后来写入历史教材的古田会议。那天的天气很冷，祠堂里生了几盆炭火，一百二十多名代表挤坐在一起，听毛泽东作报告。
毛泽东的报告不长，但句句说到点子上。他没有用那些深奥的理论，就用大白话讲道理。他说，红军不是单纯打仗的，红军是执行革命政治任务的武装集团。红军打仗，是为了帮助老百姓翻身，所以红军必须听党的指挥，不能哪个军事主官想怎么干就怎么干。
会议通过了古田会议决议，其中最核心的内容就是确立了党对军队绝对领导的原则。决议规定，一切工作经过党委讨论决定后，再由军政首长分别执行。少数人在自己的意见被否决后，必须拥护多数人所通过的决议。这就从制度上杜绝了个人说了算的可能。
古田会议开了整整两天，到十二月二十九日下午结束。当毛泽东宣布通过决议的那一刻，会场响起了热烈的掌声。很多人都感觉到，这次会议不同以往，它把红军建设中那些模模糊糊的问题都说清楚了，以后大家知道该怎么干了。
会后毛泽东和朱德站在祠堂的门口，看着代表们鱼贯而出。朱德笑着对毛泽东说，润之，这回你该放心了吧。毛泽东点了点头，说，老总，咱不是为个人争高低，是为这支队伍定规矩，有了规矩，谁来当领导都错不了大谱。
古田会议的召开，意味着毛泽东亲手构建的军队指挥体系走向成熟。在这个体系里，核心不是某个人，而是党委集体领导制度。个人的威望有起有落，但制度一旦确立，就像房梁一样支撑着整支军队的大厦。正如后来实践所证明的，只要这个制度在，红军的魂就在，不管遇到多大的风浪，这支军队都不会垮。