万历晚年虽对早年清算张居正心生悔意，却至死未敢平反。他早已被文官集团架在火上，当年清算本就是迎合既得利益集团的政治选择，一旦翻案等于当众承认自己早年是被群臣裹挟犯错，帝王权威将彻底崩塌。加上万历后期怠政、党争愈演愈烈，他根本无力也不愿打破这层政治僵局，最终把平反之事留给了后世。