饥荒、瘟疫死亡：占损失人口50%以上；清军屠城有明确史料记载的核心案例：扬州十日、嘉定三屠、江阴八十一日、昆山、同安、湘潭、大同之屠等，总数十余起
两京十三省里，江南、山东、山西、湖广部分城池遭遇屠城，但华北平原、西南偏远州县、岭南大部分府县是以投降归附为主，完整保全
清军战略分区分治：抵抗越激烈的城市惩罚越残酷，主动开城投降的城池基本免于大规模屠杀，这是其稳定统治的固定策略，无差别全域屠杀不符合其占领、收税、征粮的根本利益。
除清军外，多方武装互相杀伐同样造成大量死亡：
农民军（李自成、张献忠）：张献忠屠川是人口损失极重的关键事件，起义军攻占城池后清算官绅、掠夺粮食，冲突杀戮规模极大；李自成部队转战华北、中原，与明军反复拉锯，城池攻防死伤惨重；
明朝官军：晚明军队军纪崩坏，剿匪、驻防时劫掠屠戮百姓，地方乡勇、地主武装互相仇杀；
三方势力数十年拉锯，同一地区反复易手，持续战乱持续消耗人口。
饥荒：比直接屠杀致死更多的第一大推手
万历末年到康熙初年长达近60年全球小冰期，气温骤降，北方、中原、江南持续连年大旱、蝗灾：
华北、河南、陕西常年颗粒无收，粮价暴涨，大范围人相食；
战争阻断漕运、农田大量荒芜，青壮年被抓壮丁，无人耕种，粮食生产彻底崩溃；
 军队征粮、豪强囤积居奇，底层百姓无存粮，饥荒死亡人数远超直接屠城。
烈性瘟疫：大规模疫病造成断崖式人口损耗
明清易代恰逢全国性鼠疫、天花、霍乱大流行：
明末华北鼠疫从陕西蔓延至北京、山东、河南，李自成进京时京城瘟疫已经造成大量人口死亡；
 战乱中人口大规模流动逃难，流民携带病菌跨区域传播；战争造成尸横遍野，无人掩埋，水源、土壤被污染，瘟疫连年反复爆发；
古代无防疫、无特效药，瘟疫一县之内半数人口病死是常态。
百姓并非无处可逃，形成三条主流逃亡路线，这也是清初账面人口暴跌的重要原因：
向南逃亡：中原、江北百姓渡长江逃往浙闽、两广、云贵，大量流民扎根南方山区，不入官府户籍，成为“隐民”；
遁入深山：河南、湖广、陕西百姓躲进秦岭、大巴山、湘西、川东深山，开荒自保，脱离州县管辖，官府统计不到；
出海流亡：江南、福建沿海百姓乘船逃往台湾、东南亚；
 依附豪强/土司：大量失去土地流民投奔地方大地主、西南少数民族土司，成为私属佃仆，不登记国家户籍。

这些流民没有消失，只是脱离官方统计，等到康熙中期社会稳定、推行摊丁入亩，隐匿人口重新入籍，全国人口快速回升，从千万级突破亿级，侧面证明大量人口只是隐匿而非全部死亡。
战乱中河堤、灌溉系统常年无人修缮，黄河、淮河频繁决口，黄泛区良田变泽国；底层百姓绝境下抛弃孩童，新生儿存活率断崖下跌，数十年人口自然增长停滞甚至负增长，长期压低人口总量。
人口数字差额不能全部归为屠杀死亡
7000万的账面差值拆分大致结构（史学界主流估算区间）：
饥荒、瘟疫死亡：占损失人口50%以上；
各方战乱、屠城武装杀戮：约20%-30%；
长期流民隐匿、脱籍未统计：20%左右；
同时包含数十年人口自然生育停滞带来的人口缺口。
必须承认：清军入关后的多次屠城是无可辩驳的历史暴行，给江南等地民众带来毁灭性创伤，是古代残酷民族战争的黑暗一页，应当客观记录、正视历史苦难；张献忠屠川、明军残兵劫掠等各类武装暴力同样是深重灾难，苦难是多方战乱共同造成。
不能单一、片面将全部人口损失归咎单一势力、无限扩大屠城规模。古代王朝更迭的大乱世（汉末、五胡乱华、唐末五代）均会出现相似的人口腰斩式下跌，冷兵器时代大分裂周期里，气候灾荒、瘟疫、战乱三位一体才是人口锐减的核心规律，屠杀是加剧因素，而非唯一根源。
流民有实际逃生空间：山区、南疆、海岛、土司领地都是百姓避难选择，只是这些流民脱离官府户籍，才造成清初统计数字看上去大幅缩水，并非百姓无处可逃、尽数遇害。