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国家最高科学技术奖2000年正式首颁，每年获奖人数不超过2名，截至2025年度，累计共有39位获奖者。2000—2025历届获奖名单：

2000：吴文俊、袁隆平
2001：王选、黄昆
2002：金怡濂
2003：刘东生、王永志
2004：空缺
2005：叶笃正、吴孟超
2006：李振声
2007：闵恩泽、吴征镒
2008：王忠诚、徐光宪
2009：谷超豪、孙家栋
2010：师昌绪、王振义
2011：谢家麟、吴良镛
2012：郑哲敏、王小谟
2013：程开甲、张存浩
2014：于敏
2015：空缺
2016：赵忠贤、屠呦呦
2017：王泽山、侯云德
2018：刘永坦、钱七虎
2019：曾庆存、黄旭华
2020：顾诵芬、王大中
2021：空缺
2022：空缺
2023：李德仁、薛其坤
2024：空缺
2025：陈立泉、贲德