丘成桐在数学人才培养上见解独到。就拿清华求真书院预科班少数学生未通过考核这事来说，他决定改革招生方式。他反对国内数学培养依赖刷题应试，觉得“应试 - 竞赛 - 升学”深度绑定的模式，让学生成了“解题机器”。
在他看来，刷题技巧、套路推演对人才长远发展负面作用极大。国内特殊招生“一考定终身”，和求真书院对标国际顶尖高校学术研究要求冲突。部分靠“定向培训”拿高分的学生，在高强度学术训练中就“露馅”了。丘成桐希望培养有热情、视野和独立思考能力的数学人才，而不是出于功利目的进名校的“投机者”。