1966年运动爆发后，时任福建省副省长的贺敏学受到冲击。造反派逼迫他揭发叶飞，他断然拒绝，还将叶飞的孩子接到家中照料。

1967年，贺敏学被造反派强行抓捕，扣上“叶飞黑干将”等罪名关进牛棚。雨中批斗现场，造反派屡次强按他的头逼其认罪，他始终不肯低头。妻子李立英多方辗转，通过女儿联系李敏，将贺敏学受迫害的情况告知毛泽东。毛主席听闻后感慨贺敏学是好人，中央随即指示福建审慎处置，被关押83天的贺敏学得以回家。

重获自由的他迟迟未能恢复工作，致信周恩来表达渴望为党工作的心愿。在总理关怀下，他仅在学习班挂名，长期赋闲在家。平日里他热心帮扶邻里，主动分担街道杂活，低调度日。

1973至1974年，皮定均、廖志高先后到福建主持工作，当地局势逐步缓和。1975年贺敏学赴京参加四届人大，与平反复出的老战友叶飞重逢，二人感慨万千。回闽后，廖志高邀请72岁、满身旧伤的贺敏学主持省建委工作。彼时当地派系斗争严重，他顶住各方压力坚守岗位，全力推进基建事业。

粉碎“四人帮”后，贺敏学先后担任福建省政协副主席、全国政协常委。1988年，贺敏学于福州逝世，享年84岁。官方悼词评价他是无产阶级革命家、忠诚的共产主义战士、久经考验的优秀党员干部。