网上也开始流传各种关于王虹和北大之间存在嫌隙的传闻。有消息称，王虹在北大数学科学学院遭冷落，“无人肯写推荐信”，走投无路之下才找到地球与空间科学学院的大一班主任跨院相助。

随着矛头越来越指向北大，校方和知情者陆续出面澄清。《光明日报》引述北大知情者说，王虹当年赴法留学时，实际上获得了数学科学学院至少三名教师的推荐信，并非“无人肯写推荐信”。

至于网传王虹因成绩不佳而未获保研的说法，北大数学科学学院原院长陈大岳回应说，本科生毕业后若继续升学，一般会在保研和出国留学之间选一；王虹的成绩符合保研，只是她当时决定出国深造。据了解，北大数学科学学院2011年的本硕博毕业生共269人，王虹是49名学院优秀毕业生之一。