DNA不会说谎。科学家从拉丁美洲混血人口的基因里，挖出了一个让人脊背发凉的事实：母亲传下来的线粒体DNA里，超过90%是印第安血统；但父亲传下来的Y染色体上，印第安基因几乎归零，取而代之的是60%到90%的欧洲基因。
 
翻译成人话就是：男人被杀光了，女人被留下来生孩子。

近些年，科学家专门检测了拉丁美洲大量混血人口的这两种遗传物质，得出的结果让很多人吃惊。在母系遗传的线粒体 DNA 里，超过九成的血统都来自美洲本地的印第安人，也就是说，这些混血人群的母系祖先，绝大多数是土生土长的印第安女性。可到了父系遗传的 Y 染色体这边，情况完全反过来，印第安人的基因占比极低，几乎快看不到了，取而代之的是 60% 到 90% 的欧洲男性基因。

不同国家的具体比例有差别，比如哥伦比亚的混血人群里，父系基因里欧洲来源占到了 94%，印第安来源只有 1%；墨西哥的混血人口里，父系欧洲基因平均占到六成多，北部和西部的部分地区能达到 95%，中部和南部印第安父系占比稍高，也只有三成多，但不管哪个地区，母系的印第安血统都占了绝大多数。就算是巴西这种非洲血统占比更高的国家，父系基因里欧洲来源也占到了七成以上，依然远高于本地原住民的父系占比。

正常情况下，如果两个族群和平混居、互相通婚，父系和母系的血统比例不会差这么大。比如两个族群男女数量差不多，互相结婚生孩子，那父系和母系的来源比例应该大致接近，不会出现母系几乎全是本地人，父系几乎全是外来人的情况。这么极端的差距，只能说明当年的人口结合不是正常的通婚，背后有非常残酷的现实。

五百多年前，欧洲的西班牙人和葡萄牙人航海到达美洲的时候，美洲大陆上生活着数量众多的印第安人，有自己的文明和社会。最早过来的欧洲殖民者，几乎全是男性，带过来的欧洲女性非常少。根据历史记载，早期的西班牙殖民地里，每四到十个欧洲男性，才有一个欧洲女性，男女比例严重失衡。这些殖民者到美洲不是来定居过日子的，是来抢黄金、抢土地的，从踏上美洲的第一天起，就和本地的印第安人爆发了持续的冲突。

在征服的过程中，印第安男性是主要的反抗力量，所以殖民者每打下一个地方，首先就会对印第安男性进行大规模的清除。打仗的时候，成年男性只要参与反抗，基本都会被杀死，就连年纪稍大的男孩和老年男性，只要被认为有反抗的可能，也很难活下来。以当年的阿兹特克帝国为例，西班牙殖民者联合当地的敌对部落，攻破都城之后，大量男性平民和士兵被屠杀，整个城市的男性人口锐减。

战争结束之后，没被杀死的印第安男性，大多会被殖民者抓去当苦力，送到银矿、金矿和种植园里干活。当时的矿场条件极其恶劣，没有安全防护，劳动强度极大，还经常被打骂，吃不饱饭，很多印第安男性被抓进去之后，短短几年就会累死、病死，很少有人能活着回到自己的部落。单是墨西哥地区的银矿，在殖民早期的几十年里，就消耗了大量印第安男性劳动力，很多部落的男人几乎被抓空。

很多人都知道，欧洲人带过来的天花、麻疹等传染病，给印第安人造成了巨大的灾难，因为印第安人在美洲生活了上万年，和旧大陆隔绝，从来没接触过这些病菌，身体里没有对应的免疫力，一旦染病很容易死亡，整个村庄整个部落消失的情况都有。

据统计，殖民开始后的一百年里，中美洲的印第安人口减少了九成以上。但传染病是不分男女的，男人女人都会被传染，死亡的比例也不会差太多。如果印第安人口减少只是因为疾病，那父系和母系的印第安血统比例应该差不多，不会出现现在这种母系剩九成、父系几乎没了的极端情况。所以光靠疾病，根本解释不通基因检测出来的结果。

和男性的遭遇不同，印第安女性大多被殖民者留了下来。一方面是因为殖民者里男性多、女性少，没有足够的欧洲女性组建家庭，大量的欧洲男性就会占有印第安女性，和她们生育后代。这些结合很多都不是自愿的，有的是被强迫的，有的是女性为了保护自己和家人的性命，只能选择依附欧洲男性，换取生存的机会。

当时的殖民社会里，种族等级森严，纯种欧洲人地位最高，混血次之，纯种印第安人地位最低，很多印第安女性为了让孩子能活下去，只能选择和欧洲男性共同生活。这些混血孩子生下来之后，母亲是印第安人，父亲是欧洲人，他们再繁衍后代的时候，母系的印第安线粒体就会一直传下去，而父系的欧洲 Y 染色体也会一代代传给男性后代。一代一代几百年下来，就形成了现在的基因格局：母系绝大多数是印第安血统，父系绝大多数是欧洲血统。

除了印第安人和欧洲人，拉丁美洲人的基因里还有一部分非洲来源，这是因为后来殖民者从非洲贩运了大量黑人奴隶到美洲，补充劳动力。

这些基因检测的结果，就是一段活的历史，比任何文字记载都更直接。