智能作战系统的发展带来诸多挑战。从体系层面看，现代战争是体系化竞争，智能作战系统虽能提升体系运行效率，但一旦“观察—判断—决策—行动”（OODA）循环的任一环节被打破或误导，作战体系可能瘫痪。
以美军特种作战为例，其构建多模态智能决策系统，推动作战模式变革。不过，这也意味着一旦系统遭受攻击或干扰，美军特种作战能力将大打折扣。而且，智能作战系统依赖大量数据和算法，数据安全和算法漏洞易被利用，导致情报泄露和决策失误。人类在退出一线战场后，如何全面掌控智能战争各环节也是一大挑战。 除了上述挑战，智能作战系统的发展在伦理层面也引发了诸多争议。当智能武器拥有自主攻击决策权时，如何判定攻击的合法性和正当性变得模糊不清。例如，在复杂的城市作战环境中，智能系统可能因无法准确识别平民与战斗人员，从而造成无辜人员伤亡，这违背了国际人道法和战争伦理原则。
在经济和社会层面，智能作战系统的研发、维护和更新成本极高。这意味着国家需要投入巨额资金，可能会导致国防预算过度倾斜，影响其他社会民生领域的资源分配。同时，智能作战系统的广泛应用可能导致大量传统军事岗位被取代，引发军事人员的就业和再培训问题，对社会稳定产生潜在影响。
此外，国际军事竞争格局也会因智能作战系统的发展产生变化。拥有先进智能作战技术的国家可能会形成技术垄断和军事优势，加剧国际军事力量的不平衡，引发其他国家的军备竞赛，增加地区和全球的军事紧张局势。总之，智能作战系统的发展是一把双刃剑，在追求军事效能提升的同时，必须谨慎应对其所带来的各种挑战。