从五胡十六国到魏晋南北朝直至隋唐，是中国历史上佛教传播最为重要的时刻：走上政治舞台的北方少数民族第一次在中原地区建立了自己的政权，而南下的汉民族也遭遇来自长江中下游的奚、僚、洞蛮等民族的挑战，南北方的政权都迫切需要一种与自身文化传统不同的文化和意识形态，进行多民族文化的整合。

在对佛教的整合上，北方的统治者确实更优秀一点：从石虎开始，符坚、姚兴、慕容皝、慕容垂、拓跋珪……一系列的北方统治者采用灵活的手段，一方面借助佛教平衡汉族世家的影响力，塑造自己的合法性传统；另一方面则又很有效地遏制了新兴的僧侣贵族，使得佛教成为灵活但可靠的政治工具。

相比之下，长江以南的佛教并不能成为遏制世家大族的有效力量，相反，其宗教哲学思辨的部分很快与世家大族垄断的玄学结和起来，催生了新的僧侣贵族，加重了南朝百姓的赋税，激化了政治矛盾，最终使得南朝在一次次的动荡和内乱之中走向衰亡。“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”说的就是这段历史。

但好的一方面，佛教的纳入玄学，实现了印度哲学同中国传统信仰体系的结合，其中又融入了灵动的江南本土文化，使得传入中国的佛教，比起南亚本土和东南亚地区，更多了一份灵动的自然，显示出别样的风貌，进而在后来的历史中影响了日本和韩国。汉传佛教成为全球佛教文化的重要支脉，根源也在南朝。