1567 年 2 月，达恩利在柯克・欧菲尔德的住所遭遇爆炸。
但他并不是死于爆炸。人们在屋外的果园里找到了他的尸体，真正死因是窒息，遭人勒杀。

这桩凶案最大的嫌疑人，就是后来迎娶玛丽的博斯韦尔伯爵。只是当年开庭审理，证据不足，博斯韦尔最终被判无罪。

也正是在这一年，玛丽被废黜。
扶持年仅 13 个月的詹姆士坐上苏格兰王位的，是玛丽同父异母的兄长，詹姆士的亲舅舅 —— 莫雷伯爵。

在詹姆士长大的这些年里，他身边的老师、朝臣，还有这位摄政舅舅，不断向他灌输同一个说法：他的母亲玛丽，是天主教异端，是谋害亲夫的凶手，是苏格兰的隐患。

詹姆士一岁时就被迫和母亲分离，从那以后，母子二人终生没能再见一面。
为了英格兰王位继承权，他在母亲被判死刑时，只做了表面上的抗议，没有出手营救。