南京大学和东南大学合并后，综合实力虽能显著提升，但难以超越清华大学和北京大学，具体分析如下：

合并后的优势：

学科规模与互补性增强：南京大学以基础学科见长，在物理、化学、天文等领域具有顶尖实力；东南大学则以工科为核心，土木、建筑、电子等学科优势突出。两校合并后，学科覆盖面将大幅扩展，形成“理科+工科”的强强联合，涵盖几乎所有重点学科，优势学科规模可达到清华、北大的水平，尤其在工科领域竞争力显著提升。

资源整合与效率提升：合并后，两校可共享实验室、图书馆、科研平台等资源，避免重复建设，提高资源利用效率。同时，合并有助于整合师资力量，形成更强大的科研团队，提升整体教学与科研水平。

科研实力与成果突破：两校在科研投入和成果产出上均有较强实力。合并后，可集中力量攻克重大科研项目，争取更多国家级科研奖项，提升在国内外学术界的影响力。

与清北的差距：

学科精尖度不足：根据第五轮学科评估结果，清华大学、北京大学均为44A类、31A+；南京大学28A类、12A+；东南大学19A类、6A+。两校合并后，A类学科总数能有40多，A+总数能有20左右，虽达到清华、北大的学科规模水平，但A+学科数仍远少于清华、北大，学科精尖度存在较大差距。

国际竞争力与排名提升有限：合并后的学校规模与学科实力虽能显著增强，有望在国内外大学排名中跃升，成为华东五校之首，但与清华、北大相比，国际竞争力仍有待提升。