乾隆五十四年（1789年）年初，在新任中央朝廷驻藏大臣巴忠的默许及推动下，以八世达赖（前藏噶厦政府）、仲巴呼图克图（代表后藏班禅系统）为首的藏地统治者委托噶厦噶伦丹津、班珠尔私下与入侵并占据了藏地济咙、聂拉木、宗喀等地的廓尔喀军休兵议和。
至乾隆五十四年（1789年）三月，藏、廓和议最终签定，噶厦政府每年向廓尔喀支付三十两一锭的银元宝三百锭，廓尔喀则将聂拉木、济咙宗、宗喀宗三地归还藏地、由后藏退兵；此次和议，代表朝廷的巴忠与八世达赖、仲巴呼图克图等人均刻意隐瞒、不奏报给乾隆帝知晓。
乾隆五十四年（1789年）十一月，驻藏大臣巴忠因平息‘藏、廓纠纷’被乾隆帝交部叙功、加一级使用；在向新任驻藏办事大臣舒濂、帮办大臣普福交卸完差事后，巴忠离藏返回了京师。
乾隆五十五年（1790年）十月，是新一年的藏地向廓尔喀沙阿王朝缴纳‘赎地费’时间，于是廓尔喀摄政王巴都尔萨野（巴哈都尔·沙阿）派出一正两副三位使者来到拉萨，拜会噶厦政府并要求噶厦依照乾隆五十四年（1789年）廓藏两地所签订的‘和议’，交付第二年的‘赎地银两’三百锭（九千两）。
可新任摄政噶勒丹锡哷图呼图克图却拒绝给廓尔喀继续交付‘赎地费’，而八世达赖也派亲信喇嘛到藏廓两地边境宣传‘廓尔喀已为大清属国，不应照前约继续索要赎地银’。
无奈之下，廓尔喀使者再拜见两位驻藏大臣（此时已更换为保泰、雅满泰），请朝廷按‘外藩’标准，给予廓尔喀国王喇纳巴都尔（拉纳·巴哈都尔·沙阿）相应年俸及封邑，也被驻藏大臣回绝。
入藏要求‘履约’却一事无成，三位廓尔喀使者只得悻悻返回了都城阳布，并将此次交涉事务过程以及被藏地人等怠待的遭遇告诉了摄政王巴哈都尔·沙阿。
另一边，在迫使廓尔喀使者无功而返后，以八世达赖为首的藏地统治者觉得这一次的交涉之事或许有些过于无礼，为了弥补与廓尔喀的关系，于是噶厦堪布托格穆特、商卓特巴吉弥敦第、仔琫第卜巴等办事官奉命前往阳布，打算与廓方再次商谈，并一次性付给廓尔喀一百五十个银元宝，然后将原‘和议’协定撤回，藏廓两方从此永绝瓜葛。
但藏地的使者抵达阳布后，廓尔喀以托格穆特的地位不高为由，要求藏方以八世达赖叔父阿古拉、及噶厦政府噶伦之一的丹津班珠尔来两地边境处商谈后续事宜。
此时阿古拉已经去世，丹津班珠尔也不可能轻易就离开拉萨前往边境；而不久之后噶厦派去和廓尔喀商谈和议事宜的堪布托格穆特也在阳布病逝，藏、廓双方失去了正常沟通的渠道。
因为噶厦地方政府的一系列的‘搪塞、推脱’（就是耍赖）举动（其中也有中央朝廷驻藏大臣的暗中怂恿和有意推波助澜），使得廓尔喀沙阿王朝与藏地在乾隆五十四年（1789年）所签订的‘罢兵赎地和议’沦为了一纸空文，而这种情况也让廓尔喀摄政王巴哈都尔·沙阿（巴都尔萨野）愤怒不已，认为这都是藏地噶厦政府和僧众首领的责任。
在发动战争和放弃战争以和谈解决争端的选择中，因之前占据优势地位的‘和约’被藏地噶厦政府所撕毁，所以巴哈都尔·沙阿在极不甘心之下，最终决定再次出兵‘惩罚’违约失信的藏地僧俗上层人物，以武力逼迫藏地继续履行‘廓藏和约’（就是继续一年上交三百个银元宝）。
就在廓尔喀磨刀霍霍准备再次入侵藏地的同时，乾隆五十六年（1791年）年初，藏地摄政活佛噶勒丹锡哷图呼图克图突然圆寂，八世达赖得以执政（前任摄政济咙呼图克图此时尚在京师未回）。
当年五月，八世达赖命噶伦丹津班珠尔赶赴藏廓边界，与廓尔喀秘密商谈撤约事宜（就是一次性了结之前的‘赎地费’，中止乾隆五十四年的和议）。五月十一，丹津班珠尔与扎什端珠布、札萨克喇嘛格桑定结自奉八世达赖之命由拉萨启程前往边境上的聂拉木。
在向驻藏大臣上禀了此行的目的同时，丹津班珠尔隐瞒了‘继续与廓尔喀商谈交付赎地费、谈判撤约’的事情真相，只称去边境‘检阅军队、修葺庙宇’。
在出发之后，丹津班珠尔等人认为此前托格穆特等人出使廓尔喀时带去的元宝只有协议内容的半数（一百五十个），要是以此数目来和廓尔喀方面进行谈判，恐怕难以让廓方撤回之前的‘和议’协定；于是，丹津班珠尔自作主张又携带了一百五十个元宝前往聂拉木（补齐了和议中商定的数量，不过即使这样廓尔喀也不会同意的，人家要的是每一年都是这个数目金额）。
在丹津班珠尔前往聂拉木边境的一路上，代表后藏（班禅系统）的扎什伦布寺、以及代表花教（藏传佛教萨迦派）的萨迦寺也派出僧侣随行，而驻守聂拉木的戴琫江结也加入了这一次的谈判使团。
六月上旬，丹津班珠尔、扎什端珠布、戴琫江结一行人抵达了聂拉木的冲堆（聂拉木县充堆），札萨克喇嘛格桑定结则与扎什伦布寺、萨迦寺的僧侣受白教（藏传佛教噶举派）十世夏玛巴活佛的‘热情’邀请，来到扎木（聂拉木县樟木镇）。
（备注：前文有述——十世夏玛巴活佛即六世班禅与仲巴呼图克图的同母异父弟曲朱嘉措；当初，因为仲巴呼图克图分配六世班禅身后遗产不公，且受到噶厦政府的轻慢羞辱，曲朱嘉措一气之下以十世夏玛巴的身份于乾隆四十九年、即1784年借‘朝拜佛塔’的名义，率白教夏玛巴系僧侣撤离藏地，出走廓尔喀，此后又极力怂恿教唆廓尔喀摄政王巴都尔萨野发兵入侵后藏，以劫掠财富、扩张土地；曲朱嘉措大致上就相当于藏地的‘中行説’。）
乾隆五十六年（1791年）六月二十二，正当丹津班珠尔、扎什端珠布、戴琫江结停留在冲堆、预备与廓尔喀方面受邀前来的使者进行再次的‘和议谈判’时，突然遭到越境的廓尔喀军队（由摄政王巴都尔萨野下令行动）突袭，丹津班珠尔等人在猝不及防之下全部被俘，然后被送往廓尔喀都城阳布软禁关押。
而札萨克喇嘛格桑定结与扎什伦布寺、萨迦寺的僧侣、以及驻守聂拉木的清军绿营教习王刚、冯大成等人，也同时在扎木被越境突袭的廓尔喀军队所拘押俘获，一并押往阳布与丹津班珠尔诸人关在一起。
七月，廓尔喀军队再次大举侵入聂拉木和济咙地方，并兵分三路向后藏进攻；廓军一路由将领达莫达尔·潘德（即清史稿中的‘噶箕·旦姆达尔·邦里’）率领，由济咙进攻宗喀；一路则由将领阿比曼·辛格率领，从聂拉木进攻定日（今西藏定日县西）；第三路军队则绕过定日，由萨迦（西藏萨迦县）直趋后藏中心、班禅驻锡地日喀则（西藏日喀则市）。
乾隆五十六年（1791年）八月初三，侵入后藏的廓尔喀军攻占了定日、济咙；八月十六，萨迦也被廓尔喀军所攻陷。而就在萨迦陷落的当天，已经由拉萨抵达日喀则的驻藏大臣保泰护送着年仅十岁的七世班禅丹白尼 玛离开扎什伦布寺，前往拉萨避难；而仲巴呼图克图则被保泰留在扎什伦布寺中负责处理迎敌、守寺事宜。
七世班禅离开扎什伦布寺后，寺中的济仲喇嘛罗布藏丹巴与其余僧侣在商议后共同占卜，结果得到了‘不可与贼作战’的‘神示’。于是，仲巴呼图克图先遣人赶赴廓尔喀军营中求和，而必需的防守作战措施也没有做好。
可就在这时意外发生——扎什伦布寺派往廓尔喀军营中求和的使者，居然在半路上私自逃走了，所以廓尔喀军并没有接到扎什伦布寺方面的‘求和信’（接到了也没用，廓尔喀军必然还会进攻的）。
于是，在廓尔喀军队的武力进攻威胁下，本来就没做好防守准备的扎什伦布寺上下僧众闻讯求和使者逃跑后大哗，寺内外尚存的三千余人纷纷溃散离开，而负责留守主持寺务的仲巴呼图克图也带头溜号，将寺内金银贵重物品及历代班禅所遗的物件装为二百余捆行李，以马队装载先行逃出了扎什伦布寺。
乾隆五十六年（1791年）八月二十一，廓尔喀军队将领玛木萨野（清史稿中称为‘噶布党’）率军攻入了几乎成为空庙的扎什伦布寺中，而此时寺中仅余九人而已。
玛木萨野随即率军分据寺中各处，将仲巴呼图克图来不及带走的金银佛像、供奉法器、粮秣留存，以及历代班禅灵塔上所镶嵌的金银宝石等贵重之物全部掠走，就连清朝册封六世班禅的金册也被一并盗走；扎什伦布寺百年积存为之一空。
九月初，劫掠了扎什伦布寺后所获颇丰的廓尔喀军队继续进攻日喀则‘宗城’，意欲再次掠夺后藏财富；但负责守城的清军绿营都司徐南鹏等八十人坚守不退，与廓尔喀军多日交战且击毙廓军十余人。
在围攻日喀则宗城八天之后，廓尔喀军仍不能成功破城，而后勤物资消耗大半，士气也已经低迷；于是玛木萨野携带着从扎什伦布寺中掠夺的金银珠宝、贵重物品，退往廓藏边境暂时驻扎，以待休养恢复后再度入侵藏地。
就在廓尔喀军大举入侵后藏、劫掠扎什伦布寺的同时，已于乾隆五十六年（1791年）五月，以‘平定藏地、驱逐廓夷’有功而被乾隆帝授予正黄旗护军统领的前任驻藏大臣巴忠，因廓尔喀‘索取赎地费未果’而再次入侵藏地之事在八月间传到乾隆帝驻跸的热河，导致巴忠被大怒不已的乾隆帝追责、革职论罪。
面对暴怒的皇帝，巴忠不得不承认了自己当初就任驻藏大臣时的过失，以及‘欺瞒朝廷和皇上’之罪，并向乾隆帝请求能再去藏地效力、戴罪立功。
但乾隆帝尚在思虑筹划反击廓尔喀作战计划中，没有第一时间答复巴忠；忐忑不安又心虚不已的巴忠不知如何是好，一时间想不开，便决定‘以死赎罪’，在热河投河自尽（后来乾隆帝没有再追论其罪、但也没下旨抚恤其家，可能是嫌弃巴忠的心理承受能力太脆弱了）。
攻克后藏诸地后，因气候转冷，冬雪迫近，所以廓尔喀军队停留在日喀则附近，并没有进军前藏、威胁拉萨的出兵意愿。
但此时已经被廓尔喀军队的进逼吓破了胆的驻藏大臣保泰，却十分害怕廓尔喀军会继续进攻拉萨，于是在局势尚未最后危急之时，就慌慌张张、急急匆匆地给乾隆帝上疏，要求由自己护送八世达赖、七世班禅离开拉萨，前往青海‘暂驻’，以避兵燹之灾。
对于保泰这种胆小如鼠、畏敌如虎的怯懦行为，乾隆帝毫不客气地给予了痛斥，并直接将保泰革职问罪，另派前任驻藏大臣舒濂再度赴藏地重任原职，而另一位驻藏大臣雅满泰（重任）也被一并革职枷责。
两位原驻藏大臣都被革职问罪后，乾隆帝给复职的新任驻藏大臣舒濂又配了一位同僚助手——时任福建水师提督、参赞大臣奎林（明瑞之弟、福康安的堂兄弟）被紧急调往藏地担任成都将军兼驻藏大臣，以协助舒濂处理反击廓尔喀入侵、安定卫藏事宜。
（前任成都将军鄂辉此时已先升任四川总督，后因误用巴忠私下和议导致廓尔喀复生事入侵之事被夺官，给副都统衔，入藏参与反击廓尔喀军，以戴罪立功）。
之前的《富察氏世系.奎林篇》中有叙——奎林奉命出任成都将军兼驻藏大臣后，于乾隆五十七年（1792日夜兼程率军赶往藏地，但就在行至半途中的江卡时，不幸因早年作战时受伤所留下的疽病复发于头顶，伤重不治而亡，遗憾的‘出师未捷身先死’，没能再一次在战场上建功立业，为国家安定做出自己的贡献。
奎林受命出征藏地、却在半道不幸因疽病去世后，乾隆帝一时抓瞎，找不到合适的臣子来代替奎林遗下的重任，不得已只能将戴罪赴藏地在军前效力的前任四川总督、现副都统鄂辉再升为驻藏大臣，以接替奎林，与舒濂共同主持藏地军政要务，指挥对廓尔喀的反击作战。
因现任驻藏大臣鄂辉及雅满泰都曾有‘办事不利、革职论罪’的官场记录，且资历威望方面较浅，不足以担任统一指挥全藏军民反击廓尔喀作战任务的重任，因此乾隆帝在深思之后，于乾隆五十六年（1791年）九月二十五谕旨急召目前清朝武将中的‘首席能战之帅臣’、曾成功平定‘金川叛乱、甘肃民变、台湾林爽文起义’等战事的时任两广总督、一等嘉勇公福康安来京，准备以其为主帅、率军入藏主持反击廓尔喀的战事。
福康安一生功业武勋的顶点，即将在雪域藏地轰轰烈烈地展开。