《长河落日》的大结局反转不断，核心人物的结局更是让人揪心又唏嘘。曾以为武木一郎的原型肯定是改变二战局势的关键人物中西功，想着他最后会和中西功一样，在上海被捕判死刑，等日寇投降后被释放，直到1973年因胃癌离世。同时也盼着叶碧莹能在武木一郎的帮助下除掉大岛浩，顺利赶到衢州机场接应美军飞行员，完成任务后迎来属于她的圆满。可剧情偏不按常理走，从藤田的一个小动作开始，所有走向都变了。

藤田在武木一郎带走大岛浩前，私下见了这个阶下囚，还偷偷塞给他一颗手榴弹。嘴上说着让他为天皇尽忠的漂亮话，实则心思歹毒——结合剧情细节来看，藤田大概率就是杀害大角岑生的真凶，这次就是想借大岛浩的手除掉武木一郎。而陷入绝境的大岛浩本就对武木一郎恨之入骨，两人一拍即合，一场危机就此埋下。

果不其然，飞机上的大岛浩用藤田给的钥匙解开手铐，当场挟持了叶碧莹。危急时刻，武木一郎趁着飞机颠簸，不顾自身安危和大岛浩展开殊死搏斗。叶碧莹也抓住机会扣动扳机，击毙了大岛浩，终于为惨死的哥哥、为三灶岛被屠戮的百姓报了仇。可意外来得猝不及防，大岛浩身上的手榴弹滚落爆炸，飞机瞬间陷入火海。此时武木一郎已经受了枪伤，他抢到唯一的降落伞，心里清楚两人一起走只有死路一条，便用狠话刺激叶碧莹，逼着她带着降落伞离开去完成任务，自己则留在了即将坠毁的飞机上。

侥幸活下来的叶碧莹顺利降落，通过军统和组织取得联系后，马不停蹄赶往衢州机场，可还是晚了关键的几分钟。另一边，美军轰炸东京的场面看得人热血沸腾，狠狠打击了日寇的嚣张气焰，可战机因为提前起飞，燃油很快耗尽，多次联系衢州机场都没有回应，不少飞机接连坠毁。好在叶碧莹及时赶到，用密码联络上其中一架战机，打开了机场的信号灯，让这架战机成功降落。靠着这架飞机的信标，救援人员很快找到了其他飞行员，最终64人成功获救，可惜有3人不幸坠机身亡，8人被日寇抓住后残忍杀害，这样的结果让人无比痛心。这次美军的东京轰炸，不仅狠狠灭了日寇的威风，还间接改变了太平洋的战争局势，而叶碧莹虽有延误，却也用自己的行动完成了部分任务，没辜负那些为了任务牺牲的人。

本以为飞机上的生离死别已是最大的反转，没想到后续的人物结局，才是真正的出人意料，整部剧的大结局，藏着三个让观众直呼没想到的反转。

第一个反转，武木一郎没死，且原型根本不是中西功。飞机坠落后，武木一郎因为坠海侥幸生还，之后悄悄回到了东京。因为相关资料被销毁，他的真实身份再无人知晓，还有莲沼蕃出面证明他是天皇的特使，没有实质性证据，就算藤田心存怀疑，也不敢轻易质疑他的身份。武木一郎最后是继续潜伏，还是做个普通人度过余生，剧情留下了一个悬念。而剧中真正对应中西功原型的，竟是武木一郎的搭档赤西，他和龙泽在1942年6月被捕后被判死刑，赤西最终活到1973年因胃癌离世，龙泽则活到八十岁寿终正寝，这个身份反转，属实让观众意外。

第二个反转，叶碧莹的悲壮结局。前期追剧时，大家都以为叶碧莹会和武木一郎走到一起，完成任务后开启新的生活。可她虽然顺利撤离到中山八区，成为了当地的委员，却在1944年抗战胜利的前夕壮烈牺牲。她没能亲眼看到家乡解放，没能等到日寇投降的那一天，更没能等到和武木一郎重逢的时刻，这个结局让无数观众意难平，也让整部剧的悲剧色彩更浓。

第三个反转，反派藤田竟活了下来。藤田在剧中手上沾满了鲜血，屠戮三灶岛岛民、制造千人坑万人坟，手上有着数不清的血债，大家都以为他会在日寇主力撤退后，被游击队就地正法，可他最终却逃过一劫。而他设局让大岛浩杀武木一郎的原因，也成了一个谜——是猜到了武木一郎的身份是假冒的，还是因为自己是害死大角岑生的凶手，怕武木一郎查出真相？剧情到最后也没有给出答案，但从他的一系列行为来看，他就是杀害大角岑生的真凶无疑。

整部《长河落日》的大结局，把遗憾和唏嘘拉满，三灶岛上的大部分角色都相继下线，一个个反转打破了观众的所有预想，却也让剧情的层次感更足。虽然结局满是遗憾，但也让我们看到了抗战时期，无数革命者为了家国大义的选择：有人甘愿隐姓埋名潜伏敌后，有人不惜牺牲自己成全任务，有人用生命守护家国，他们的坚守和牺牲，都刻在了那个风雨飘摇的年代里。