自安史之乱以后，北方持续动荡、南方持续发展，这种南北方经济文化发展的全面失衡，北宋被女真人灭亡后，偏居南方的南宋更加着力发展经济，进一步为南方的经济文化夯实了根基。蒙古人全面入主中原后，在科举的录取比例上，蒙古人也平均分配，规定最终录取的100名进士中，蒙古人、色目人、汉人、南人比例各为25人。
在朱元璋看来，元朝统治尽管不足百年，但蒙古人统治在北方士子中，仍然留下了深刻的印记。当时，北元依旧存在，北方边境这种复杂的政治战争局势，性情多疑、手段残酷的朱元璋非常敏感，当时，明朝在开国后，明朝境内尤其是北方地区，仍然有不少读书人死忠于元朝，并以元朝遗臣、遗老自居。因此，如何笼络北方读书人的人心，是明朝初期的政治大事。
朱元璋在洪武十五年恢复三年一考的科举制，就是不仅仅要完成在政治上的光复，而且还要实现文化上的光复，所以科举制对于笼络北方的士子和人心，无疑是重中之重。面对明朝建立初期，和北元势力仍然处于拉锯交战的复杂局面，如何确保内部尤其是北方的人心安定，如何拉拢北方读书人的人心，可以说，在明朝初期，是一等一的政治大事。
所以，偏偏就在这种复杂的政治军事文化背景下，发生了洪武三十年的南榜事件，以致北方士子集体上疏抗议，并到处鼓噪考试选拔不公，如果在从前或以后的朝代，这或许可以理解，但是，这是在与北元激烈对抗的明朝初期，无论是政治、军事还是文化，在各个层面上，明朝都不能输，也输不起。
所以，作为开国皇帝，朱元璋的内心深处对秉持考试公平、却不讲究政治正确的考官刘三吾，以及主持复查的老状元张信等人，内心无比恼火。于是，在南榜事件之后，朱元璋，最终决定以简单、粗暴、极端的方式，来解决由于南榜事件引发的北方考生骚动不满问题。
在读书人刘三吾和张信看来，这是一场纯粹的考试公平问题；而在开国皇帝朱元璋看来，这则是一个有关帝国开邦、对抗北元、镇抚人心、安定北方的政治远略问题。
思想单纯的读书人，没有领略开国皇帝的宏图远略，如果碰到一位像刘秀一样的开明皇帝，或许只是挨一顿训、降职或贬官了事，但碰到一位像朱元璋一样出身草莽、手段毒辣的开国皇帝，这注定又将是一场腥风血雨。
因此，对于朱元璋来说，在南北榜案中，杀掉两位状元和几个主考官，平息下北方考生的怒气，实在是太轻松了。对于一位将动辄杀人，作为政治权术的帝王来说，这实在不值一提。
不仅如此，朱元璋还宣布将南榜中中举的全部52位南方考生，“俱不刻《登科录》”，也就是说，他还宣布，南榜的考试成绩，无效。在朱元璋的刻意安排和亲自阅卷提拔下，在当年六月的北榜中，三甲都是北方人。此外，还有58位北方考生被录取为进士。在南榜事件之后，集体鼓噪的北方考生们，最终踏着两位状元陈䢿和张信的人头和血泊，在帝国政治中走上了金銮殿，高中进士。
南北榜案之后，在整个朱元璋执政时期，包括南北榜在内，共录取各科进士共867人，其中南方籍620人，占总数达71%。尽管朱元璋开始有意矫正这种南北方科举考试全面失衡的局面，但南北榜案后的第二年，71岁的朱元璋最终驾崩。
但南北方文化严重失衡问题，仍然没有得到矫正，也难以矫正。此后，在建文帝时期，明成祖朱棣时期，南方进士比例占比83%。
面对这种南北方文化成绩全面失衡的局面，同时也是兼顾考试公平与区域公平原则，因此在明仁宗时期，作为南方人的大学士杨士奇，也看到了科举考试中南北考生录取失衡的问题严重所在。因此，杨士奇向明宣宗提出，应该在科举考试中，分为南北两个区域分别取士，并提出应该按照“南六北四”的比例，分配科举进士的录取名额。
宣德二年，明宣宗朱瞻基最终将南北分卷制度付诸实施，并按照“南六北四”的比例录取进士，以实现科举考试的区域均衡，景泰五年，明朝最终将南北卷制度，详细划分为南、北、中卷制度，其中还对南、北、中卷所属地区进行了详细划分，其中规定：
南卷，应天及苏、松诸府，浙江、江西、福建、湖广、广东；
北卷，顺天、山东、山西、河南、陕西；
中卷，四川、广西、云南、贵州及凤阳、庐州二府，滁、徐、和三州也。
在这种分南、北、中区录取的制度安排下，大明帝国的科举考试公平和区域公平问题最终得到了有效的均衡，而为了防止部分考生利用规则，考试移民到北区和中区报名考试，明朝官方还规定“妄报中卷、北卷者，本部指名参退”，明确规定，如果查出属于考试移民，将明确除名处理，目的就是为了维护南北区域的考试公平。
南北榜案的血腥代价，最终促成了科举考试在 “考试公平” 与 “区域公平” 之间的平衡，推动了北方文化教育的复苏，实现了 “无地不设之学，无人不纳之教” 的局面，极大增强了大明对北方及边疆地区的文化凝聚力与政治控制力。此后，明朝的科举考试分区制度改革，一直延续到清朝。康熙五十一年，南北卷制度最终被废除，实行分省录取制度，而这，也是今天高考分省考试制度的由来。
回望洪武三十年的这场科举风波，两位状元的鲜血，成了帝国制度演进的铺路石。历史的进步，往往伴随着无辜者的牺牲；而帝王的权术与时代的需求，也常常超越了单纯的是非对错。南北榜案的意义，早已超越了一场科场舞弊案，它既是明初南北文化、政治博弈的集中体现，也是中国古代科举制度走向成熟与完善的重要转折点。
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